1.bioMart包的介紹 bioMart包是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件包自由連接到bioMart數據庫,這個包可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...
安裝 biomaRt 包 ensembl transcript id version 轉 refseq mrna , ensembl gene id , hgnc symbol 輸入文件file.txt如下所示: 轉換命令如下: 輸出文件new如下所示: ...
2021-07-27 11:15 0 184 推薦指數:
1.bioMart包的介紹 bioMart包是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件包自由連接到bioMart數據庫,這個包可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...
DAVID網站提供了id轉換的功能 1 選擇上傳gene list文件 2 選擇上傳ID的類型,我們ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以這里選ENSEMBL_GENE_ID 3 這個是類型,因為只做ID轉換,所以選Gene ...
1)安裝載入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packa ...
目錄 簡介 GS示例代碼 簡介 R包sommer內置了C++,運算速度還是比較快的,功能也很豐富,可求解各種復雜模型。語法相比於lme4包也要好懂一些。 建議查看文檔:vignette("v1.sommer.quick.start") 混合線性模型 ...
看文獻的時候,發現了g:Profiler這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便、好用,一定要分享給大家~ g:Profiler網址: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具體講一下該網站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括:Gene ...
使用NCBI進行目的基因的引物設計 全文概述 利用生信工具進行目的基因的引物設計,使用了NCBI進行篩選與設計引物,使用 idtdna對篩選出的DNA進行檢查。本文分享了如何篩選出高質量的基因引物,幫助想通過生信進行引物設計的學生、從業者找出合適的基因,畢竟購買引物也比較燒錢,避免設計出的基因 ...
目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq數據作為先驗模型進行預測 ...
lncRNA常用、好用的數據庫,供各位看官參考。 1.LNCipedia 該數據庫針對人進行lncRNA數據 ...