原文:使用"biomaRt"包進行基因ID轉換

安裝 biomaRt 包 ensembl transcript id version 轉 refseq mrna , ensembl gene id , hgnc symbol 輸入文件file.txt如下所示: 轉換命令如下: 輸出文件new如下所示: ...

2021-07-27 11:15 0 184 推薦指數:

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bioMart進行基因id轉換

1.bioMart的介紹 bioMart是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件自由連接到bioMart數據庫,這個可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...

Tue Dec 17 23:40:00 CST 2019 0 9191
基因id轉換

DAVID網站提供了id轉換的功能 1 選擇上傳gene list文件 2 選擇上傳ID的類型,我們ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以這里選ENSEMBL_GENE_ID 3 這個是類型,因為只做ID轉換,所以選Gene ...

Thu May 09 15:48:00 CST 2019 0 2332
生信-使用NCBI進行目的基因的引物設計

使用NCBI進行目的基因的引物設計 全文概述 利用生信工具進行目的基因的引物設計,使用了NCBI進行篩選與設計引物,使用 idtdna對篩選出的DNA進行檢查。本文分享了如何篩選出高質量的基因引物,幫助想通過生信進行引物設計的學生、從業者找出合適的基因,畢竟購買引物也比較燒錢,避免設計出的基因 ...

Mon Nov 25 04:11:00 CST 2019 0 336
Augustus 進行基因注釋

目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq數據作為先驗模型進行預測 ...

Tue Apr 07 17:04:00 CST 2020 0 964
基因名稱轉換問題

lncRNA常用、好用的數據庫,供各位看官參考。 1.LNCipedia 該數據庫針對人進行lncRNA數據 ...

Thu Aug 01 06:32:00 CST 2019 0 535
 
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