原文:單細胞分析實錄(16): 非負矩陣分解(NMF)檢測細胞異質性

相信做過腫瘤單細胞的小伙伴對這個分析並不陌生,如果多讀幾篇文獻,就能在CNS以及大子刊上面看到這個分析。 非負矩陣分解 Nonnegative Matrix Factorization,NMF 是在矩陣中所有元素均為非負數約束條件之下的矩陣分解方法。 基本思想:給定一個非負矩陣V, NMF能夠找到一個非負矩陣W和一個非負矩陣H, 使得矩陣W和H的乘積近似等於矩陣V中的值。 放在我們單細胞轉錄組的場 ...

2021-06-25 20:14 0 216 推薦指數:

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單細胞分析實錄(17): 矩陣分解(NMF)代碼演示

本次演示使用的數據來自2017年發表於Cell的頭頸鱗癌單細胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供處理 ...

Sat Jul 24 01:27:00 CST 2021 0 151
單細胞分析實錄(4): doublet檢測

最近Cell Systems雜志發表了一篇針對現有幾種檢測單細胞測序doublet的工具的評估文章,系統比較了常見的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在檢測准確、計算效率等方面的優劣,以及比較了使用不同方法去除doublet后對下游DE分析、軌跡分析的影響。 現有的檢測 ...

Thu Dec 31 20:41:00 CST 2020 0 351
單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣

Cell Ranger是一個“傻瓜”軟件,你只需提供原始的fastq文件,它就會返回feature-barcode表達矩陣。為啥不說是gene-cell,舉個例子,cell hashing數據得到的矩陣還有tag行,而列也不能肯定就是一個cell,可能考慮到這個才不叫gene-cell矩陣吧~它是 ...

Mon Dec 28 22:12:00 CST 2020 0 1091
文獻(5): 單細胞轉錄組揭示人類纖維化皮膚病中成纖維細胞異質性

一句話評價:小樣本量單細胞轉錄組在冷門疾病領域應用前景尚可,常規套路也能發NC 1. Title 標題可以看出本研究的主要內容:①構建成纖維細胞的圖譜/揭示成纖維細胞異質性;②找到一群(相對於正常樣本)在纖維化皮膚病中含量升高的間充質成纖維細胞 2. Background ...

Sat Oct 23 09:24:00 CST 2021 0 215
單細胞分析實錄(10): 消除細胞周期的影響

如果讀過一些單細胞的文獻,應該會經常看到一群名為"cycling cell"的亞群,T細胞、B細胞、上皮細胞等等在分亞群的時候,都可能碰到。實際上,這群細胞只是因為高表達一些與細胞周期相關的基因,才會被單獨聚成一群,里面可能包含多種細胞亞群的混合,只要它們處於細胞周期/增殖狀態 ...

Wed Mar 17 02:30:00 CST 2021 0 418
單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋

前面已經講解了: 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 單細胞分析實錄(4): doublet檢測 單細胞分析實錄(5): Seurat標准流程 單細胞 ...

Fri Jan 08 02:43:00 CST 2021 3 3438
單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing

這是一個新系列 差不多是一年以前,我定導后沒多久,接手了讀研后的第一個課題。合作方是醫院,和我對接的是一名博一的醫學生,最開始兩邊的老師很排斥常規的單細胞文章思路,即各大類細胞分群、注釋、描述,所以起初的幾個月都在摸索一條主線,再后來有主線了,要加實驗驗證,周期有點長。我這邊的分析基本做完 ...

Mon Dec 28 22:10:00 CST 2020 0 401
 
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