,但我們可以借鑒Dockerfile文件里面的安裝方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
接前面文章:ChIP seq ATAC seq RNA seq 數據分析流程 前面已經把pipeline跑完了,但是關於結果的解讀還是不清楚,這里來深入探討一下。 復習: pipeline:https: github.com ENCODE DCC chip seq pipeline 大致流程圖:https: www.encodeproject.org pipelines ENCPL XAE chi ...
2021-06-17 20:21 0 305 推薦指數:
,但我們可以借鑒Dockerfile文件里面的安裝方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
1 ChIP-Seq技術 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技術原理 2 ChIP-Seq數據分析 2.1 數據下載 2.2 質量控制(data_assess) 2.3 比對到參考基因組 ...
http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ數據 24 5 2月 2013 | 程序員 Tags: 生物信息學 · 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析時 ...
大家好,這里是專注表觀組學十余年,多組學科研服務領跑者的易基因。 染色質免疫沉淀后測序(ChIP seq)是一種針對DNA結合蛋白、組蛋白修飾或核小體的全基因組分析技術。由於二代測序技術的巨大進步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪聲和更大的覆蓋范圍 ...
表觀遺傳 表觀遺傳的3個機制:DNA甲基化;組蛋白修飾;chromatin remodeling 開放染色質測序: 參考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...
: 1. RNA-seq分析差異基因,間接推測調控的轉錄因子。 2. 基於大量的ChIP-seq公共數 ...
1.下載MACS軟件安裝包(作者的系統為Ubuntu) 網址鏈接:http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/ 2.解壓文件: tar -zxvf MACS**.tar.gz 3.更改文件夾的名字(個人習慣) mv MACS1.1-4 MACS 4.進入到 ...
需要長期更新! 參考:生信修煉手冊 enhancer的基本概念: 長度幾十到幾千bp,作用是提高靶基因活性,屬於順式作用原件,DNA作用到DNA,轉錄因子就是反式,是結合到DNA的蛋白。 ...