見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
. 軟件的安裝 a. bcftools 的安裝 b. bgzip的安裝:https: blog.csdn.net weixin article details 下載鏈接:https: github.com samtools htslib releases download . . htslib . . .tar.bz . 合並 第一步: 用bgzip將所有的vcf文件壓縮 bgzip c f f ...
2021-05-23 21:26 0 5973 推薦指數:
見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
在對vcf的操作有這樣三個軟件: 利用Bcftools按樣本拆分文件主要利用了“--view”這個軟件包,主要代碼如下: 這里面三個參數: 就可以完成了。 ...
1. bgzip 壓縮 vcf 文件為 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c ...
通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD則需要Vcf文件是multi-sample的,這里就需要我們將不同samples的文件進行合並,可以通過vcftools的perl模塊進行 ...
1、下載安裝bcftools。 2、准備樣本ID文件,這里命名為samplelistname.txt,一個樣本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、輸入命令: bcftools view -S samplelistname.txt ...
做群體變異檢測后,通常會有提取子集的操作,之前沒有發現bcftools有這個功能,都是自己寫腳本操作,數據量一上來,速度真的是讓人無語凝噎。這里記錄下提取子vcf文件的用法,軟件版本:bcftools-1.5 一、根據個體提取子集 根據樣品名提取vcf文件,准備要保留的個體名文件 ...
tabix 可以對NGS分析中常見格式的文件建立索引,從而加快訪問速度,不僅支持VCF文件,還支持BED, GFF,SAM等格式。 下載地址: 由於snp數量多,所以vcf文件也非常大,常見做法用bgzip進行壓縮 壓縮之后,原本的view.vcf文件就變成 ...