系綜的實現方式（nve、nvt、npt）
一、NVE系綜 更新位置和速度，v和e恆定。 二、NVT系綜 幾種實現的方式： 如： fix 1 all nve #更新位置和速度，e和V保持不變。若只有這個命令，就只nve系綜，如果和控溫命令一起，就是nvt系綜。fix 2 all langevin 298.0 298.0 ...
原文：LAMMPS中的系綜（NPT/NVT）命令
語法： ID 是fix名，group ID是fix所作用的群組名。這兩個是所有fix命令都需要的。 style name可以選擇NVT NPT或者NPH 關鍵詞keyword和對應的數值value可以添加 例子： 詳細說明： 這些命令用來對Nose Hoover型的non Hamiltonian運動方程進行時間積分。該運動方程用以從正則系綜 等溫等壓系綜 等焓系綜采樣生成原子的位置和速度，從而對所 ...
2021-04-10 08:12 0 855 推薦指數：
相關推薦
lammps--命令注意
1.create_box 這個關鍵字看似簡單實則讓人難受。 ①在寫這個關鍵字的時候切記：一一對應原則，即： bond/types 對應 extra/bond/per/atom ...
Lammps命令與in文件
LAMMPS 即 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (大規模原子分子並行模擬器)，是由美國能源部桑迪亞國家實驗室開發的一種開源的經典分子動力學模擬代碼 in 文件描述一個符合牛頓定律的模擬過程，內容大致包含三個 ...
lammps中fix deform的理解
fix 5 all deform 1000x erate 0.002 units box #設置沿x方向拉伸，應變率為0.002（1/ps） fix ID group-ID deform N p ...
VMD中兩個模型合並，並導出為lammps的data文件
1 兩個模型合並 2 導出data文件 topo writelammpsdata XXX.data ...
lammps計算的應力的方法
摘自：http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps計算的應力有兩種： 一是體系整體的應力狀態，通過在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段 ...
lammps_data文件
一、notes： 1、不在data文件里寫“#”（注釋），否則，容易出錯； 2、前兩行不用寫東西（建議）； 3、相互作用系數可以不用寫在data里邊（如pair_coeff等），可有可無，but for pair_coeff，最好還是在data文件中設定，因為它比在in文件中設定更加方便 ...
lammps溫度雲圖
轉自：小木蟲 田淮安 的回答。 LAMMPS中的溫度是由原子的動能計算而來的，具體可參見手冊compute temp command一節的說明。LAMMPS的模擬結果，我這里指的是dump命令得到的lammpstrj文件，主要內容都是每個時刻每個原子的信息，包括坐標、速度、動能、勢能 ...