基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
目錄 .conda安裝 .配置RepBase .RepeatMasker避坑 .RepeatProteinMask避坑 .RepeatModeler避坑 .自定義重復序列庫 后記 .conda安裝 conda安裝雖然簡單,但還是有很多坑,而且很多都是隱形的坑。 repeatmodeler依賴於repeatmasker,因此其實你只要安裝repeatmodeler就好。其中repeatmasker ...
2021-04-06 22:59 0 1248 推薦指數:
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
簡介 tRNA:tRNA是mRNA翻譯到蛋白的步驟中根據密碼子搬運氨基酸的RNA。這個結構的最核心部位就是與密碼子配對的三位鹼基。tRNA長得像一個三葉草,大概76-90 bp,所以除了三位鹼 ...
homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...
本文默認讀者有一定的生信基礎,沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 ============================================================ con ...
目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...
之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...