原文:【基因組注釋】RepeatMasker和RepeatModeler安裝、配置與運行避坑

目錄 .conda安裝 .配置RepBase .RepeatMasker避坑 .RepeatProteinMask避坑 .RepeatModeler避坑 .自定義重復序列庫 后記 .conda安裝 conda安裝雖然簡單,但還是有很多坑,而且很多都是隱形的坑。 repeatmodeler依賴於repeatmasker,因此其實你只要安裝repeatmodeler就好。其中repeatmasker ...

2021-04-06 22:59 0 1248 推薦指數:

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基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
如何注釋基因組中的tRNA + 安裝tRNAscan-SE

簡介 tRNA:tRNA是mRNA翻譯到蛋白的步驟中根據密碼子搬運氨基酸的RNA。這個結構的最核心部位就是與密碼子配對的三位鹼基。tRNA長得像一個三葉草,大概76-90 bp,所以除了三位鹼 ...

Thu Jul 27 05:05:00 CST 2017 0 1710
基因組注釋】GMAP安裝使用問題

homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...

Fri Apr 16 06:43:00 CST 2021 0 336
基因組學】maker的安裝注釋

本文默認讀者有一定的生信基礎,沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 ============================================================ con ...

Mon Jan 10 03:03:00 CST 2022 10 2842
基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
 
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