原文:如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點?

目錄 需求 示例文件 代碼實現 補充說明 需求 客戶的一個簡單需求: 我有一批功能基因位點,想從重測序的群體材料中找到這些位點,如何批量快速獲得 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現 run.sh 運行sh run.sh gene.txt test.vcf,或sh run.sh gene.txt test.vcf.gz 生成結果: 補充說明 以上代碼中利用了vcftools工具 ...

2021-03-13 23:04 0 1430 推薦指數:

查看詳情

bcftools 提取vcfsnp/indel)文件子集

做群體變異檢測后,通常會有提取子集的操作,之前沒有發現bcftools有這個功能,都是自己寫腳本操作,數據量一上來,速度真的是讓人無語凝噎。這里記錄下提取vcf文件的用法,軟件版本:bcftools-1.5 一、根據個體提取子集 根據樣品名提取vcf文件,准備要保留的個體名文件 ...

Thu Nov 28 05:24:00 CST 2019 0 989
尋找與疾病相關的SNP——R語言從SNPedia批量提取搜索數據

   SNP是單核苷酸多態性,人的基因是相似的,有些上存在差異,這種某個位的核苷酸差異就做單核苷酸多態性,它影響着生物的性狀,影響着對某些疾病的易感性。SNPedia是一個SNP調査百科,它引用各種已經發布的文章,或者數據庫信息對SNP進行描述,共享着人類基因組變異的信息。我們可以搜索 ...

Thu Mar 09 02:30:00 CST 2017 7 3417
【算法】從字符串刪除一系列字符

問題背景 假設我們有以下的測試程序: 這就是說,要我們實現一個給 string 類擴展一個 RemoveCharOf 方法,用以移除指定字符串所有出現在 chars 參數的字符。這個擴展方法除了上例中用於獲得一個合法的文件名外,還可以有其他的用途。比如我最近一個項目中要把給定 ...

Mon May 07 03:30:00 CST 2012 7 3979
最近瀏覽器為webapp帶來的一系列

雖然說最近,有的提案其實2010年就存在了。基本上是firefox, webkit在推動。主要如下: calc: css3的函數,現在只有opera不支持。只要用於混合單位的計算,不能你手動轉換。這 ...

Thu Jan 31 06:29:00 CST 2013 0 3015
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM