原文:系統發育樹鄰接法(NJ)和非加權組平均法(UPGMA)之比較

目錄 .原理的區別 .實操比較 UPGMA NJ法 保存樹文件 更深理解 .原理的區別 主要區別在於,非加權組平均法 UPGMA 是基於平均鏈接方法的聚集層次聚類方法,而鄰接法 NJ 是基於最小演化准則的迭代聚類法。 UPGMA的假定條件是:在進化過程中,每一世系發生趨異的次數相同,即核苷酸或氨基酸的替換速率是均等且恆定的。 UPGMA生成有根樹,而NJ生成無根樹。由於UPGMA方法假定演化速率 ...

2021-03-05 18:08 0 1880 推薦指數:

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系統發育理論基礎

地位,使得進化生物學發生了一場革命性的變革。 其中共同祖先學說是構建系統發育的理論基礎(p ...

Sun Jul 16 04:32:00 CST 2017 0 5132
系統發育(進化)繪制小結

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系統發育構建算法和軟件

文章轉載於 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 (1)距離 對於UPGMA現在已經很少見了,我只有在處理SSR數據的時候分析過一次,ME的方法不適用於物種數目較多的時候,計算時間較長。因此在這里以鄰接法NJ(Neighbor-Joining ...

Sun Jul 16 04:48:00 CST 2017 0 5482
基於序列比對的系統發育分析

1、簡介: 進化生物學是指研究不同生物在一段時期中的改變,其目的是提供理論,進而解釋生物多樣性的過程和機制。與證據充足的生物學相比,支持進化生物學的確鑿證據並不多,往往只能通過 ...

Fri Oct 19 21:09:00 CST 2018 0 2616
指數加權移動平均(EWMA)

1. 概述 加權移動平均,是對觀察值分別給予不同的權數,按不同的權數求得移動平均值。並以最后的移動平均值為基礎,確定預測值的方法。采用加權移動平均,是因為觀察期的近期觀察值對預測有較大影響,它更能反映近期變化的趨勢。 指數加權移動平均(Exponentially Weighted ...

Thu Jul 01 21:28:00 CST 2021 0 288
指數加權移動平均(EWMA)

** 本文內容來自於吳恩達深度學習公開課 1、概述   加權移動平均,是對觀察值分別給予不同的權數,按不同權數求得移動平均值,並以最后的移動平均值為基礎,確定預測值的方法。采用加權移動平均,是因為觀察期的近期觀察值對預測值有較大影響,它更能反映近期變化的趨勢。   指數移動加權平均 ...

Wed Sep 26 17:56:00 CST 2018 0 21917
光流與直接法

一、LK 光流 1.1 光流文獻綜述 我們課上演示了 Lucas-Kanade 稀疏光流,用 OpenCV 函數實現了光流追蹤特征點。實際上,光流 有很長時間的研究歷史,直到現在人們還在嘗試用 Deep learning 等方法對光流進行改進 [1, 2]。本題將 指導你完成 ...

Mon Mar 01 01:00:00 CST 2021 0 474
 
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