從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
下了一些sra數據庫中的公共數據,因為pretech和aspera不穩定,稍微大點的文件經常傳斷,部分文件我只能通過本地下載再上傳。 那么問題來了,sra沒有md 校驗,我怎么知道我數據的完整性,尤其是通過本地下載的那些數據 網上查了下是說,sra是自帶md 校驗的 The SRA archive format vdb contains an md checksum as well as a fe ...
2021-03-05 11:15 0 358 推薦指數:
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
/48272598_749456477.shtml 我的下載的數據在/home/username/ncbi/public/s ...
1. 什么是MD5 MD5消息摘要算法(英語:MD5 Message-Digest Algorithm),一種被廣泛使用的密碼散列函數,可以產生出一個128位(16字節)的散列值(hash value),用於確保信息傳輸完整一致。MD5由美國密碼學家羅納德·李維斯特(Ronald ...
MD5簡介 原理略,只需要知道它是對一段信息產生128位的hash值,且不可逆。 因此不難想到它的一些應用: 1)密碼管理 當我們需要保存某些密碼信息以用於身份確認時,如果直接將密碼信息以明碼方式保存在數據庫中,不使用任何保密措施,系統管理員就很容易能得到原來的密碼信息,這些信息一旦泄露 ...
每份相同數據(文件夾)都可以生成一份唯一的md5校驗文件,我們可以通過直接校驗整個數據文件夾的方法來確定數據是否有誤。 1.針對整個文件夾生成md5校驗文件方法: 以data文件夾為例,我們需要得到data整個文件夾中的文件的md5校驗值,我們通過shell程序對整個data文件夾中 ...
Windows系統下對文件進行MD5校驗的方法 方法一:使用Windows自帶的certutil工具 打開cmd,進入到文件所在目錄,輸入certutil -hashfile XXX MD5,XXX為文件名,即可得到文件的MD5。 以在C:\APP\目錄下的test.zip文件為例,輸入cd ...