原文:使用RSEM進行轉錄組測序的差異表達分析

仍然是兩年前的筆記 . prepare reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量,則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem prepare reference產生的。 可以看到,單純用bowtie 建的索引和rsem調用bowtie 建的索引是不一樣的。 . calculate expression 用法分為兩類,分別是從fa fq得到表達矩陣,和從sam bam得 ...

2021-02-21 16:49 0 983 推薦指數:

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轉錄差異表達分析小實戰(二)

轉錄差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 2917
轉錄差異表達分析工具Ballgown

Ballgown是分析轉錄差異表達的R包。 軟件安裝: 運行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R會自動安裝Ballgown,及相應的依賴包。 Ballgown的輸入文件 ...

Wed Dec 13 20:37:00 CST 2017 0 3077
轉錄差異表達分析小實戰(一)

轉錄差異表達分析小實戰(一) Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 讀文獻獲取數據 文獻名稱:AKAP95 regulates splicing through ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 708
轉錄入門】7:差異基因分析

作業要求: 使用R語言,載入表達矩陣,然后設置好分組信息,統一用DEseq2進行差異分析,當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果,進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 【1】安裝DESeq2 DESeq2對於輸入數據 ...

Wed Jul 04 05:47:00 CST 2018 0 5049
rsem轉錄進行定量

最近在研究轉錄本,現在在下載數據,想起來自己有一個博客,就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄進行定量,首先需要下載它的轉錄數據,將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中,引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 --split-3將sra ...

Mon Nov 15 04:48:00 CST 2021 0 808
【4】腫瘤轉錄測序分析流程及相關軟件

目錄 基於二代測序的RNA癌症研究方法 基於長讀長測序轉錄本結構研究 單細胞RNA-seq的癌症應用 基於二代測序的RNA癌症研究方法 基於DNA層面的癌症研究:一本字典 基於RNA的癌症研究:從字典種挑取寫一篇日記 RNA特點 ...

Tue Aug 25 17:47:00 CST 2020 0 699
 
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