序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...
目錄 . 什么是單倍型 . 單倍型組裝的意義 . 如何進行單倍型組裝 方法 :Trio binning Illumina Pacbio 方法 :DipAsm HiFi Hi C 方法 :strand seq long reads . 什么是單倍型 同源染色體:同源染色體,一個來自母本,一個來自於父本。 單倍型:單倍體基因型的簡稱。遺傳學上指在單條染色體上一系列遺傳變異位點的組合。 . 單倍型組裝 ...
2021-02-08 17:28 0 709 推薦指數:
序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...
1. 前期准備 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息,尤其是GC含量以及對應的GC分布,重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...
SOAPdenovo是一個新穎的適用於組裝短reads的方法,能組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。 該軟件特地設計用來組裝Illumina GA short reads,新的版本減少了在圖創建時的內存消耗,解決了contig組裝時的重復區域的問題,增加了scaffold組裝時的覆蓋度 ...
原文鏈接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多種方式利用PacBio長reads來生成和改進大型基因組的de novo組裝。 你可以用幾種不同的方法: PacBio-only de novo 組裝。long insert ...
參考:【干貨】基因組組裝你了解多少? -- 諾禾致源 動植物基因組de novo工作,其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果,contigN50和scaffoldN50是第一指標,即contig/ scaffoldN50:將contig/scaffold長度從長到 ...
目錄 1. 建立項目團體 2. 收集目標基因組信息 3. 設計最佳實驗流程 4. 選擇最佳測序平台和准備文庫 5. 選擇最佳DNA來源和提取方法 6. 檢查計算資源與要求 7. 選擇最佳計算設計和流程 8. 基因組組裝 9. 在注釋前檢查組裝 ...
目錄 組裝策略 輔助技術 PacBio補充 流程 主要分析內容 組裝 評估 注釋 比較基因組 組裝策略 二代測序平台如Illumina、BGI,穩定可靠,數據質量高,成本低,讀長短。 三代測序平台 ...
目錄 1. 主要糾錯類型 misjoins translocations inversions chromosome boundarie ...