基因組組裝算法
序列組裝算法研究（CNKI） 對基因組組裝算法的分析和研究（CNKI） 基於De Bruij ...
原文：基因組組裝項目的十二步建議
目錄 . 建立項目團體 . 收集目標基因組信息 . 設計最佳實驗流程 . 選擇最佳測序平台和准備文庫 . 選擇最佳DNA來源和提取方法 . 檢查計算資源與要求 . 選擇最佳計算設計和流程 . 基因組組裝 . 在注釋前檢查組裝質量 . 基因組注釋 . 建立一種可查詢和可共享的輸出格式 . 分發社區來優化組裝和注釋 對於初學者的基因組組裝和注釋流程的建議 . 建立項目團體 多機構合作，數據和利益共享 ...
2021-02-01 22:35 0 549 推薦指數：
相關推薦
基因組組裝流程
1. 前期准備 背景信息： GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息，尤其是GC含量以及對應的GC分布，重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...
PacBio長reads的大基因組組裝
原文鏈接：Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多種方式利用PacBio長reads來生成和改進大型基因組的de novo組裝。 你可以用幾種不同的方法: PacBio-only de novo 組裝。long insert ...
項目一：使用二代測序數據進行基因組組裝（局部組裝）
項目數據： kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz （100X）（19G） kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz （100X）（20G ...
基因組組裝結果質量評估
參考：【干貨】基因組組裝你了解多少？ -- 諾禾致源 動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contigN50和scaffoldN50是第一指標，即contig/ scaffoldN50：將contig/scaffold長度從長到 ...
基因組組裝工具之 SOAPdenovo 使用方法
和長度，改進了gap closing，更加適用於大型基因組組裝。 （SOAPdenovo是為了組裝大 ...
動植物基因組組裝要點小結
目錄 組裝策略 輔助技術 PacBio補充 流程 主要分析內容 組裝 評估 注釋 比較基因組 組裝策略 二代測序平台如Illumina、BGI，穩定可靠，數據質量高，成本低，讀長短。 三代測序平台 ...
【基因組組裝】HiC掛載Juicebox糾錯補充
目錄 1. 主要糾錯類型 misjoins translocations inversions chromosome boundarie ...