原文:常見基因組功能數據介紹 | 表觀注釋 | DNase-seq | ChIP-Seq | ATAC-Seq | eQTL | ENCODE | ROADMAP

functional genomics epigenomic annotations 剛入行的總是一頭霧水,對這些表觀的標記一點興趣都沒有,種類繁多,總是記不住,這里我就做一個常識性的總結,不搞太多術語。 需要了解的也不多,常見的就那么幾個,搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。細節頗多,需要一點耐心。 各種類型的數據可以直接在這個genome browser里瀏覽:http: genome ...

2021-01-27 18:26 0 511 推薦指數:

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表觀遺傳、開放染色質測序、ATAC-seqChIP-seq簡介

表觀遺傳   表觀遺傳的3個機制:DNA甲基化;組蛋白修飾;chromatin remodeling 開放染色質測序:   參考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012   研究目的:研究細胞的轉錄調控。   細胞的大部分時間處於 ...

Thu Jun 20 23:50:00 CST 2019 0 2376
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程

補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
ChIP-seq技術介紹|易基因

大家好,這里是專注表觀學十余年,多組學科研服務領跑者的易基因。 染色質免疫沉淀后測序(ChIP seq)是一種針對DNA結合蛋白、組蛋白修飾或核小體的全基因組分析技術。由於二代測序技術的巨大進步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪聲和更大的覆蓋范圍 ...

Thu Mar 24 23:50:00 CST 2022 0 829
ATAC-seq

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf和Howard Y. Chang實驗室開發的用於研究染色質可及性 ...

Sun Feb 23 02:57:00 CST 2020 0 908
ChIP-seq實戰 | 染色質免疫共沉淀技術 | ATAC-seq | 染色質開放性測序技術

參考:生信技能樹 ChIP-Seq綜述 一些簡單的copy,純屬個人筆記。 ChIP-seq的原理 用於在全基因組范圍中研究DNA結合蛋白(相互反應)、組蛋白修飾(表觀遺傳標記)和核小體的技術,研究這三個主題可有助於了解基因之間的相互調控以及染色體的功能結構。 在生理狀態下 ...

Mon Apr 23 21:41:00 CST 2018 0 3120
表觀 | Enhancer | ChIP-seq | 轉錄因子 | 數據庫專題

需要長期更新! 參考:生信修煉手冊 enhancer的基本概念: 長度幾十到幾千bp,作用是提高靶基因活性,屬於順式作用原件,DNA作用到DNA,轉錄因子就是反式,是結合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji發現SV40中某個140bp的序列可以顯著提高血紅蛋白融合基因的表達 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
 
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