使用wtdbg利用三代數據進行基因組de novo組裝
相較於其他三代四代數據組裝軟件（Canu（也可用於糾錯），smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP，FALCON，FALCON-unzip等） wtdbg有如下優點： 安裝運行簡單 (可用run_wtdbg_assembly.sh腳本生成運行腳本)，運行 ...
原文：二代數據組裝葉綠體基因組
與核基因組相比，細胞器基因組相對來說，更為保守，並且序列較短，更加易於組裝，僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法，僅供參考。 數據 本次我使用的二代數據為 X。下機后，首先通過fastq對其進行過濾，改軟件操作較為簡單，僅僅使用 q 進行過濾，得到clean reads 葉綠體參考基因組 因為葉綠體基因組非常的保守，因此，我選擇同科植物的葉綠體基因組。據文獻記 ...
2021-01-25 13:09 0 540 推薦指數：
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三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D：ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈，測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D：bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...
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mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較，可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 f ...
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