原文:關於單倍型和Phasing

單倍型,即單倍體基因型,概念很好理解。 單倍型分型的過程就稱之Phasing,定相或基因分型。 Phasing的意義,在人類疾病遺傳和動植物群體遺傳中非常重要。也是imputation的必經過程。 vcf文件中,. .和. .分別表示未定相和已定相。 Phasing的方法: 家系定相,最准確,一般根據一家三口 Trio樣本 推斷,直接簡單 LD定相,最常用,根據群體LD block和統計模型,計算 ...

2021-01-14 15:24 0 678 推薦指數:

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單體型(haplotype)也稱單

單體型(haplotype)也稱單,簡單說就是一條染色體緊密相連的兩個或兩個以上基因座上一組等位基因的基因,通常作為一個單位遺傳。如一條染色體上HLA各位點的基因組合。HLA有多個基因座,每個基因座上有多個等位基因,一些基因座上的特定等位基因經常連鎖在一起共同通過減數分裂傳遞 ...

Tue Aug 24 05:02:00 CST 2021 0 533
【轉】單基因組組裝方法

目錄 1. 什么是單? 2. 單組裝的意義? 3. 如何進行單組裝? 方法1:Trio-binning (Illumina+Pacbio) 方法2:DipAsm(HiFi+Hi-C) 方法3:strand seq ...

Tue Feb 09 01:28:00 CST 2021 0 709
利用SHAPEIT將vcf文件進行基因(genotype)定相(phasing):查看兩個突變是否來源於同一條鏈(染色體或父本或母本),two mutations carried by the same read

首先,下載SHAPEIT. 按照里面的步驟安裝完后,將vcf文件進行基因定相,分四步走。 第一步,將vcf文件轉化為plink二進制文件(.bed, .bim, .fam)。 這一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,見如下命令: java -Xmx8g ...

Thu Jun 21 00:38:00 CST 2018 0 1915
2圖3圖怎么用

1、img元素srcset屬性 srcset屬性用於瀏覽器根據寬、高和像素密度來加載相應的圖片資源。 屬性格式:圖片地址,寬度描述,像素密度描述 eg: src="small. ...

Tue Dec 11 21:06:00 CST 2018 0 804
關於數組為什么要1.5或者2擴容

一、為什么不是常數擴容而是成倍擴容 首先我們要明確數組是一塊連續的內存,在添加元素的過程中,如果我們的數組存不下了,則需要開辟一塊新的內存,把原來的元素復制到新開辟的地方,具體過程如下: 新 ...

Wed Feb 16 22:47:00 CST 2022 0 867
ios23

這里我們只說IOS系統下的設計,至於Android,因為尺寸太多,涉及的東西比較亂,我整理好以后再說吧。頁面篇幅比較長,不推薦一次性看完,那樣你潛意識里就會對它厭煩了,所以可以有時間讀一讀,看一看。P ...

Fri Jan 01 01:36:00 CST 2016 0 11579
 
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