原文:繪圖技巧 - 火山圖 | volcano plot

標簽:RNA seq 基因表達 一個非常常見的圖種,用於表示兩組數據基因表達差異的圖,通常橫縱坐標分別為 Log FC 和 P value。 畫出來並不難 美化稍微有點難度:標注重要的點,點的顏色 形狀 圖層順序。 基本數據准備: 帶log FC和P value的dataframe 需要標注的數據點 代碼: prepare main dataset data.df lt c .markers.D ...

2021-01-07 16:19 0 413 推薦指數:

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火山

分析背景     火山常用於轉錄組研究中,也能應用於基因組,蛋白質組,代謝組等統計數據。它歸根到底是是散點圖的一種,它能將統計學中的統計顯著性量度(如p value,矯正后的P值)和變化幅度相結合,從而能夠幫助人們識別那些變化幅度較大且具有統計學意義的數據(如基因,蛋白等),如下圖所示 ...

Thu Sep 03 18:35:00 CST 2020 0 672
Volcano火山:容器與批量計算的碰撞

【摘要】 Volcano是基於Kubernetes構建的一個通用批量計算系統,它彌補了Kubernetes在“高性能應用”方面的不足,支持TensorFlow、Spark、MindSpore等多個領域框架,幫助用戶通過Kubernetes構建統一的容器平台。 Kubernetes 是當前 ...

Thu Jun 04 22:10:00 CST 2020 0 876
如何看懂火山

如何看懂火山 下面我們就說明下如何看懂和繪制火山。 標准的火山常用於展示顯著差異表達的基因,這里有兩個關鍵詞:顯著是指P<0.05,差異表達一般我們按照Fold Change ...

Thu Aug 13 05:46:00 CST 2020 0 612
R語言繪圖plot

Quick-R: Graphs (statmethods.net) Quick-R: Scatterplots (statmethods.net) 數據分析師轉向 R 的主要原因之一是其強大的圖形 ...

Wed Jun 23 22:14:00 CST 2021 0 314
R: plot 繪圖各種參數,以及 legend。。

################################################### 問題:基礎繪圖plot 18.4.30 plot函數,基礎繪圖的各個參數? 解決方案: cars <- c ...

Tue May 15 06:29:00 CST 2018 0 9343
Pandas plot

1、創建一個Series 這是一個線性的數據,我們隨機生成1000個數據,Series 默認的 index 就是從0開始的整數,但是這里我顯式賦值以便讓大家看的更清楚 就這么簡單,熟悉 matplotlib 的朋友知道如果需要plot一個數據,我們可以使用 plt.plot(x ...

Sun Jul 29 17:57:00 CST 2018 0 1306
GGPLOT2-plotly |讓你的火山“活”過來

火山Volcano Plot)常用於展示基因表達差異的分布,橫坐標常為Fold change(倍數),越偏離中心差異倍數越大;縱坐標為P值(P值),值越大差異越顯着。原因得名也許的英文因為查詢查詢結果圖像火山吧 一載入R函數包及數據集 library(ggplot2)data ...

Fri Jul 26 05:49:00 CST 2019 0 1104
Python的 plot函數和繪圖參數設置

python的plot函數參數很多,其中主要有: 而在使用的時候,參數格式有: 1. fmt 參數: 2. color 參數: 3. marker 參數: 4. linestyle 參數: 5. 而繪圖參數 ...

Sun Mar 29 01:25:00 CST 2020 0 18874
 
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