如何看懂火山圖

 

下面我們就說明下如何看懂和繪制火山圖。

標准的火山圖常用於展示顯著差異表達的基因，這里有兩個關鍵詞：顯著是指P<0.05，差異表達一般我們按照Fold Change(倍數變化)>=2.0作為標准。

當我們拿到基因表達的P值和倍數后，為了用火山圖展示結果，一般需要把倍數進行Log2的轉化，比如某基因在實驗組表達水平是對照組的4倍，log2（4）=2，同樣的如果是1/4，也就是0.25，轉換后的結果就是-2。

同樣的道理，對P值進行-log10的轉化，-log10（0.05）約等於1.30103，由於P值越小表示越顯著，所以我們進行-log10（P value）轉化后，轉化值越大表示差異約顯著，比如-log10（0.001）=3 > -log10(0.01)=2 > -log10(0.05)=1.30。

 

參考鏈接：https://blog.csdn.net/mystrugglelife/article/details/79300768?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-3.channel_param&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-3.channel_param

 

差異表達基因-火山圖和聚類圖解釋 ：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/87344725