原文:Python:利用Entrez庫篩選下載PubMed文獻摘要

一個不是學生物的孩子來搞生物,當真是變成了一塊廢鐵啊,但也是讓我體會到了一把生物信息的力量。 廢話不多說,開整 任務:快速高效從PubMed上下載滿足條件的文獻PMID 標題 TI 摘要 AB 。 PubMed官網 https: pubmed.ncbi.nlm.nih.gov 此處有幾種選擇可以達到目的: 官網上匹配篩選條件 注:匹配快速,但是下載下來的數量受到限制,每次只能下載 條數據,甚至更少 ...

2020-11-24 15:38 1 1228 推薦指數:

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Biopython中Entrez模塊--從pubmed中查找相關文獻, 所有返回的結果用Entrez.read()解析

Entrez是一個搜索引擎,國家生物技術信息中心(NCBI)網站集成了 幾個健康科學的數據,如:如“科學文獻,DNA和蛋白質序列數據, 蛋白質三維結構,蛋白質結構域的數據,表達數據,基因組完整拼接本等。 Entrez的編程工具”(eUtils):通過它把搜索的結果返回到自己編寫的程序里面 ...

Sun Oct 20 18:23:00 CST 2019 0 357
[python爬蟲] Selenium定向爬取PubMed生物醫學摘要信息

本文主要是自己的在線代碼筆記。在生物醫學本體Ontology構建過程中,我使用Selenium定向爬取生物醫學PubMed數據的內容。 PubMed是一個免費的搜尋引擎,提供生物醫學方面的論文搜尋以及摘要。它的數據來源為MEDLINE(生物醫學數據),其核心主題 ...

Fri Dec 18 11:00:00 CST 2015 4 3842
文獻綜述寫作之“摘要

學長說:“摘要:目標檢測概念引入+本文工作+算法驗證評估后的結論" 摘要:簡潔、具體的摘要要反映論文的實質性內容,展示論文內容足夠的信息,體現論文的創新性,展現論文的重要梗概。 一般由具體研究的四要素組成: 對象 方法 結果 結論   對象——是論文研究、研制 ...

Thu Apr 20 00:09:00 CST 2017 0 2457
知網文獻批量下載——python

知網文章批量下載 通過讀取txt文檔中的參考文獻來實現批量下載文獻 參考文獻格式: 詳細代碼: 實現方式比較簡單粗暴,同時程序運行時也存在一些小問題,如網頁加載速度比程序運行慢時會出現文獻下載重復 程序運行前要先登錄可用的VPN或者連接校園網 ...

Tue Jun 16 04:25:00 CST 2020 0 1986
Python爬蟲批量下載文獻

最近在看NeurIPS的文章,但是一篇篇下載太繁瑣,希望能快速批量下載下來。 於是想到了之前一直聽說的python爬蟲,初次學着弄一下。 參考了python爬蟲入門教程:http://c.biancheng.net/view/2011.html ; 用到了requests ...

Wed Jun 30 17:55:00 CST 2021 0 509
如何利用Zotero去整理文獻

目錄 如何利用Zotero去整理文獻 通過創建分類去區分論文的類別 通過條目自動下載論文 清空下載文件夾 如何解決Zotero中文支持不好的問題 解決方法 參考 如何利用 ...

Tue Sep 17 06:18:00 CST 2019 0 2945
 
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