雜合度計算分為兩種：位點雜合度和樣本雜合度 1、計算位點雜合度，測試數據如下: 2、--hardy計算位點雜合度 2、--het 計算樣本雜合度 首先要剔除沒有多態的位點： ...

在測序一個新物種時，首先需要對該物種的基因組結構有所了解，包括以下幾個內容： 基因組大小 重復片段大小 雜合度大小 基因組越大，雜合度也大，重復片段越大，該物種的組裝難度就越大。通常我們會通過genome survery分析，對以上幾個指標 ...

PLINK提供了“--ld”的參數計算兩個SNP位點的連鎖不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下數據： --ld rs123 rs134: R-sq ...

一、聯系 當一個程序段或語句（指令） 引用了其它程序段或語句（指令）中所定義或使用的數據名（即存貯區、地址等）或代碼時，他們之間就發生了聯系。一個程序被划分為若干模塊時，聯系既可存在於模塊之間，也可 ...

1.基本概念 大部分的二倍體細胞，比如人類體細胞，擁有兩份基因組，一份來自於父親，另一份來自於母親，每一份基因組大概有30億個鹼基。 在不同個體中，基因組的鹼基內容大部分是相同的，只有少部分是不同的，這些不同的就成為SNP（單核苷酸多態性）。 在某一個鹼基上，如果來自父本和母本的鹼基 ...

最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...

一、什么是耦合度　　耦合度就是某模塊（類）與其它模塊（類）之間的關聯、感知和依賴的程度，是衡量代碼獨立性的一個指標，也是軟件工程設計及編碼質量評價的一個標准。耦合的強度依賴於以下幾個因素：（1）一個模塊對另一個模塊的調用；（2）一個模塊向另一個模塊傳遞的數據量；（3）一個模塊施加到另一個模塊的控制 ...

plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...