雜合度計算分為兩種:位點雜合度和樣本雜合度 1、計算位點雜合度,測試數據如下: 2、--hardy計算位點雜合度 2、--het 計算樣本雜合度 首先要剔除沒有多態的位點: ...
准備測試數據 個樣本, 個位點 提取特定位點 root linuxprobe test lstest.map test.ped testsite.map testsite.ped testsite.txt root linuxprobe test cat testsite.map 已經提取三個位點 snp snp snp root linuxprobe test cat testsite.ped ...
2020-10-07 00:44 0 1728 推薦指數:
雜合度計算分為兩種:位點雜合度和樣本雜合度 1、計算位點雜合度,測試數據如下: 2、--hardy計算位點雜合度 2、--het 計算樣本雜合度 首先要剔除沒有多態的位點: ...
一、提取樣本: 提取樣本見命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleID.txt第一列為提取的樣本Family ID,第二列為 ...
目錄 需求 示例文件 代碼實現 補充說明 需求 客戶的一個簡單需求: 我有一批功能基因位點,想從重測序的群體材料中找到這些位點,如何批量快速獲得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現 run.sh ...
這篇應該是甲基化QC的最后一篇啦。 感謝健明帶入門。 我前面已經寫完兩篇: QC1:甲基化數據QC:使用甲基化數據計算樣本間的相關性 QC2:甲基化數據QC: 使用甲基化數據推測SNP基因型(ewastools工具) 下面補充一下對甲基化樣本和CpG位點QC的總流程: 1、導入、加載 ...
上位置為122-124范圍的位點 cat variants.vcf | java -jar Sn ...
SNP是單核苷酸多態性,人的基因是相似的,有些位點上存在差異,這種某個位點的核苷酸差異就做單核苷酸多態性,它影響着生物的性狀,影響着對某些疾病的易感性。SNPedia是一個SNP調査百科,它引用各種已經發布的文章,或者數據庫信息對SNP位點進行描述,共享着人類基因組變異的信息。我們可以搜索 ...
pandas 的dataframe 對 數據查詢可以通過3種方式 。 預備知識: 1. pandas 的索引和label都是從0開始的計數的 2. 時間切片都是左閉右開的。 [5:6,:] 只 ...
利用HOG特征訓練分類器說明文檔-By miracled 整體框架: 樣本制作+訓練+檢測 - (vs2008 + opencv2.3.1 + libsvm(可換用svmlight需改動部分源代碼)) 1. 樣本制作:Make_Sample類 1.1功能大致如下(如需要詳細的介紹,請直接參看 ...