原文:plink格式文件如何提取位點、刪除位點、提取樣本、刪除樣本

准備測試數據 個樣本, 個位點 提取特定位點 root linuxprobe test lstest.map test.ped testsite.map testsite.ped testsite.txt root linuxprobe test cat testsite.map 已經提取三個位點 snp snp snp root linuxprobe test cat testsite.ped ...

2020-10-07 00:44 0 1728 推薦指數:

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plink軟件計算雜合度和樣本雜合度

雜合度計算分為兩種:雜合度和樣本雜合度 1、計算雜合度,測試數據如下: 2、--hardy計算雜合度 2、--het 計算樣本雜合度 首先要剔除沒有多態的: ...

Thu Jul 08 21:55:00 CST 2021 0 326
如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP

目錄 需求 示例文件 代碼實現 補充說明 需求 客戶的一個簡單需求: 我有一批功能基因,想從重測序的群體材料中找到這些,如何批量快速獲得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現 run.sh ...

Sun Mar 14 07:04:00 CST 2021 0 1430
甲基化樣本和CpGQC的總流程(450k和850k)

這篇應該是甲基化QC的最后一篇啦。 感謝健明帶入門。 我前面已經寫完兩篇: QC1:甲基化數據QC:使用甲基化數據計算樣本間的相關性 QC2:甲基化數據QC: 使用甲基化數據推測SNP基因型(ewastools工具) 下面補充一下對甲基化樣本和CpGQC的總流程: 1、導入、加載 ...

Wed Jun 24 05:58:00 CST 2020 0 2151
尋找與疾病相關的SNP——R語言從SNPedia批量提取搜索數據

   SNP是單核苷酸多態性,人的基因是相似的,有些上存在差異,這種某個位的核苷酸差異就做單核苷酸多態性,它影響着生物的性狀,影響着對某些疾病的易感性。SNPedia是一個SNP調査百科,它引用各種已經發布的文章,或者數據庫信息對SNP進行描述,共享着人類基因組變異的信息。我們可以搜索 ...

Thu Mar 09 02:30:00 CST 2017 7 3417
pandas dataframe 滿足條件的樣本提取

pandas 的dataframe 對 數據查詢可以通過3種方式 。 預備知識: 1. pandas 的索引和label都是從0開始的計數的 2. 時間切片都是左閉右開的。 [5:6,:] 只 ...

Sat Aug 05 18:43:00 CST 2017 0 9602
開篇-HOG提取訓練檢測+樣本制作

利用HOG特征訓練分類器說明文檔-By miracled 整體框架: 樣本制作+訓練+檢測 - (vs2008 + opencv2.3.1 + libsvm(可換用svmlight需改動部分源代碼)) 1. 樣本制作:Make_Sample類 1.1功能大致如下(如需要詳細的介紹,請直接參看 ...

Sat May 12 23:25:00 CST 2012 21 3159
 
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