歡迎來到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文獻介紹。 關於人類基因組正向選擇信號的檢測分析。 1.正向選擇的概念 正向選擇:某一突變位點逐漸積累,成為優勢的位點。 具體表現為:隨着時間延長,該位點的突變基因型頻率越來越高,遠遠超過野生型; 2.正向選擇的目的 通過比較馴化/野生 ...
EHH Extended Haplotype Homozygosity iHS Integrated Haplotype Score 和 XP EHH Cross Population Extended Haplotype Homozogysity 是常用的基於 haplotype 分析基因組受選擇情況的方法。其中,EHH 和 iHS 是檢測一個群體中的選擇信號,而 XP EHH 是在兩個群體中進 ...
2020-07-19 18:11 0 969 推薦指數:
歡迎來到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文獻介紹。 關於人類基因組正向選擇信號的檢測分析。 1.正向選擇的概念 正向選擇:某一突變位點逐漸積累,成為優勢的位點。 具體表現為:隨着時間延長,該位點的突變基因型頻率越來越高,遠遠超過野生型; 2.正向選擇的目的 通過比較馴化/野生 ...
檢測基因組選擇信號的方法有很多種,其中 XP-CLR 方法是常用的一種。XP-CLR 是陳華老師、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年發表的方法,全稱叫 the cross-population composite likelihood ratio test ...
上一篇文章 《使用XP-CLR檢測基因組中的選擇信號》 介紹了 XP-CLR。XP-CLR 是一種是基於選擇掃盪(selective sweeep)的似然方法。選擇掃盪可以增加群體之間的遺傳分化,導致等位基因頻率偏離中性條件下的預期值。XP-CLR 利用了兩個群體之間的多基因座等位基因頻率差異 ...
目錄 1. GS/GP在植物育種中的角色 2. GP模型應用 3. GP模型的准確性 4. 植物育種的GS展望 5. 小結 Genomic SelectioninPlant Breeding: Methods,Models ...
考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章,進過多番折騰,終於用jekyll+github搭了個獨立博客www.huangshujia.me,現在博客已經搬遷! 首先,在開始之前我覺得有必要稍微科普緩沖一下,以便不使得不熟悉生物信息或基因組的客官們疑惑。O(∩_∩)O! 1. ...
目錄 簡介 GS示例代碼 簡介 R包sommer內置了C++,運算速度還是比較快的,功能也很豐富,可求解各種復雜模型。語法相比於lme4包也要好懂一些。 建議查 ...
Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因組瀏覽器中還有個 ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...