原文:使用Hapbin基於EHH、iHS、XP-EHH方法檢測基因組中的選擇信號

EHH Extended Haplotype Homozygosity iHS Integrated Haplotype Score 和 XP EHH Cross Population Extended Haplotype Homozogysity 是常用的基於 haplotype 分析基因組受選擇情況的方法。其中,EHH 和 iHS 是檢測一個群體中的選擇信號,而 XP EHH 是在兩個群體中進 ...

2020-07-19 18:11 0 969 推薦指數:

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haploPS、XP-EHH、 Fst檢測正向選擇信號的實例介紹

歡迎來到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文獻介紹。 關於人類基因組正向選擇信號檢測分析。 1.正向選擇的概念 正向選擇:某一突變位點逐漸積累,成為優勢的位點。 具體表現為:隨着時間延長,該位點的突變基因型頻率越來越高,遠遠超過野生型; 2.正向選擇的目的 通過比較馴化/野生 ...

Sat Jan 04 02:59:00 CST 2020 0 1793
使用XP-CLR檢測基因組選擇信號

檢測基因組選擇信號方法有很多種,其中 XP-CLR 方法是常用的一種。XP-CLR 是陳華老師、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年發表的方法,全稱叫 the cross-population composite likelihood ratio test ...

Sun Jun 14 03:48:00 CST 2020 3 1667
使用Python版XP-CLR檢測基因組選擇信號

上一篇文章 《使用XP-CLR檢測基因組選擇信號》 介紹了 XP-CLR。XP-CLR 是一種是基於選擇掃盪(selective sweeep)的似然方法選擇掃盪可以增加群體之間的遺傳分化,導致等位基因頻率偏離中性條件下的預期值。XP-CLR 利用了兩個群體之間的多基因座等位基因頻率差異 ...

Sun Jun 14 03:50:00 CST 2020 0 598
[原]基因組變異檢測概述

考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章,進過多番折騰,終於用jekyll+github搭了個獨立博客www.huangshujia.me,現在博客已經搬遷! 首先,在開始之前我覺得有必要稍微科普緩沖一下,以便不使得不熟悉生物信息或基因組的客官們疑惑。O(∩_∩)O! 1. ...

Sun Sep 29 08:19:00 CST 2013 5 3582
參考基因組

Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因組瀏覽器還有個 ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
 
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