蛋白質組學數據分析——（1）原理
當前，關於高通量蛋白質組學的研究遠不如NGS這般火熱，網上關於這方面的知識也寥寥無幾，從事這一行也有一段時間了，但還沒好好總結過。加之過段時間可能要去做培訓，所以是時候把知識點總結一下，權當復習。當然整個蛋白質組學研究也算紛繁復雜，不可能面面俱到，而且很多東西我也在學習當中，肯定會出現不少紕漏 ...
原文：蛋白質組學數據的缺失值填充
缺失值填充在數據分析領域的預處理過程繞不過去的一個坎，蛋白質組學也不例外，簡單記錄下，可能有些地方有其特殊之處。 分析缺失值來源：完全隨機缺失 MCAR，如質譜儀抖動，對數據影響無偏好性，均一分布 ，隨機缺失 MAR，依賴於其他觀測變量，如時間梯度越長采集越可能出現缺失值 ，非隨機缺失 MNAR，依賴觀測變量自身，如某些蛋白含量在儀器檢測限以下 。一般我們默認缺失值屬於MCAR或MAR機制類。 缺 ...
2020-07-18 22:17 0 1347 推薦指數：
相關推薦
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus
目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的，2008年初次發表JPR，2014年升級發表NC，免費開源，持續更新維護，良心軟件。而且，有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...
蛋白質組學實驗設計、質控與分析
、LabelFree、SILAC、修飾；代謝組：靶向、非靶 3.數據驗證 蛋白 ...
【5】蛋白質組學鑒定定量軟件之PD
目錄 1.簡介 2.安裝與配置 3.分析流程 4.結果 1.簡介 PD全稱Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商業Windows軟件，沒錯，收費，還不菲。而且主要也是針對他們家的obitrap產出數據 ...
【6】蛋白質組學鑒定定量軟件之MaxQuant
目錄 1.簡介 2.下載安裝 3.配置與運行 4.結果 5.Perseus后處理 6.小結 1.簡介 2016年，德國馬普所的Cox和蛋白質組學領域巨擘Matthias Mann合作開發了MaxQuant軟件（MQ），並發表在nbt ...
質譜和蛋白質組學領域簡述
從事基於質譜的蛋白質組學信息分析也有一年多時間了，回過頭來還是需要縷一縷這個領域的方方面面，溫故知新。 簡要概述 蛋白質組學（Proteomics）是研究一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質的統稱。作為系統生物學中的重要組成部分，處於中心法則下游，相比於基因組和轉錄組學而言，發展比較緩慢 ...
蛋白質組學數據分析筆記匯總
前言 之前本來打算根據自己對蛋白質組學數據分析的經驗和理解寫一系列相關教程出來供復習參考，沒想到在網上查到別人已經做過了，而且筆記相當全面，從樣本處理到質譜儀原理再到數據分析等等都有提及，雖然是2016-2017年的課程，但內容並未過時，對我自己也大有益處。雖然其中一些內容有重復，但我也不想 ...
蛋白質組學數據的歸一化/標准化處理
目錄 1.前言 2.主要方法及代碼實現 3.標准化方法評估 4.MaxQuant中的Intensity，LFQ和iBAQ 5.資源列表 1.前言 目的： 調整由於技術，如處理、上樣、預分、儀器等造成的樣本間誤差。這實際上是一種數據縮放 ...