一、為什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究時經常碰到群體分層的現象，即該群體的祖先來源多樣性，我們知道的，不同群體SNP頻率不一樣，導致后面做關聯分析的時候可能出現假陽性位點（不一定是顯著信號位 ...

基因型過濾標准：保留雙等位基因(biallelic sites)以及次等位基因頻率大於0.05的位點： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > ...

歸納總結：伴X遺傳，雄性中Xb的基因頻率等於基因型頻率，在雌性中，Xb基因頻率也等於雄性中Xb基因的頻率。因為雌性有兩條X染色體，其遺傳符合遺傳平衡定律，即：(P+Q)²=P²+2PQ+Q²=1，P代表代表XB ‚Q代表Xb，P²代表XBXB，2PQ代表XBXb，Q代表XbXb。 ...

在全基因組關聯分析中，處理芯片數據時，必須走的一個流程就是基因型數據填充（imputation）。 當然，如果你拿到的是全測序的數據，請忽略這一步。 下面直奔主題，怎么在網頁版進行基因型填充。 1 進入Michigan Imputation Server Michigan ...

一、芯片數據 此次拿到的illumina芯片數據並不是原始的數據，已經經過GenomeStudio軟件處理成了finalreport文件，格式如下： 之前沒處理過芯片數據，對於這種編碼模式（Forward，top AB）的基因型數據很疑惑，查了很多資料，收效甚微。看過建明大神對芯片這塊 ...

在合並數據過程當中，經常會發現不同來源的數據正負鏈不是統一的，這是一件很頭疼的事。 正負鏈沒有統一的情況下直接合並在一起會產生什么后果呢。 舉個最簡單的例子，假如我們從小明和小紅分別拿到了一批基因型數據。那么存在以下幾種可能：1）小明的基因型數據統一好正鏈或者負鏈；2）小紅的基因型數據統一 ...

用--recode命令，--out表示轉化的文件的名字，本例已經命名為“filter” ...

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. ...