FPKM，RPKM，TPM和RSEM
詳細見孟叔的文章。 ...
原文：【生物信息】RPKM, FPKM和TPM
注：這幾個名詞是RNA Seq數據分析中的基礎，在此小結一下。 在RNA Seq的分析中，對基因或轉錄本的read counts數目進行標准化 normalization 是一個極其重要的步驟，因為落在一個基因區域內的read counts數目取決於基因長度和測序深度。很容易理解：一個基因越長 測序深度越深，落在 比對到 該基因所在區域的read counts數目就會相對越多。當我們進行基因差異表 ...
2020-07-06 15:38 0 6012 推薦指數：
相關推薦
對FPKM/RPKM以及TPM的理解
對FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 閱讀數：559 標簽： FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 個人分類： RNA-Seq ...
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 計算對比
在分析了若干轉錄組之后發現，處理數據的時候最重要的不是技巧多么絢麗，你調包的能力有多么強。而是把基本的概念特別是統計和數學上的方法咬爛嚼吐，才是真正理解和掌握了分析數據的底層原理： 在RNA-Seq ...
TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎？
TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎？ 已有 3940 次閱讀 2017-12-15 15:04 |個人分類:RNA-seq|系統分類:科普集錦|關鍵詞:RNA-seq| RNA-seq 本文轉載自嘉因微信公眾號，已獲得授權。查看最新文章，敬請 ...
轉錄組表達量計RPKM、FPKM、TPM說明
在轉錄組測序（RNA-Seq）中，基因的表達量是我們關注的重點。基因表達量的衡量指標有：RPKM、FPKM、TPM。 RPKM：Reads Per Kilobase Million；說實話，這個英文說明真的很費解，其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million ...
基因表達量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM
之前不是很理解這兩個概念，看了本文之后就差不多理解了。 基因組學技術專題（二）：為什么說FPKM/RPKM是錯的 轉自：安諾基因 我們都知道RNA-seq是通過NGS技術來檢測基因表達量的測序方法。在衡量基因表達量方面，若是單純以比對到參考基因的Reads個數（我們通常稱之為Count值 ...
如何獲得FPKM/RPKM計算需要的基因長度（考慮exon之間的overlap）
版權聲明：本文為博主原創文章，轉載請注明出處 這里我們跟Cufflinks的原理一致，使用總的外顯子長度，並且去除過多的重疊的外顯子的部分。使用R語言,輸入為基因的GTF文件 包的安裝 ...
RPKM
的表現量，所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估計基因的表現量。 RPKM是 ...