原文:聯合使用PrediXcan、MetaXcan基於GWAS結果預測靶基因及特異性組織的表達(又名全轉錄組分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基於GWAS后續分析開發出來的工具。 主要功能是在組織和表達的層面預測影響表型的基因,彌補了GWAS只能在基因組層面解釋表型的不足。 下面是這幾個工具的工作流程: 今天給大家介紹一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具進行全轉錄組分析 Transcriptome Wide Analysis 該工具最大的優點是不需要 ...

2020-06-19 21:26 4 1376 推薦指數:

查看詳情

特異性轉錄組測序

特異性轉錄組測序 非鏈特異性轉錄組測序信息不包含鏈方向的特征信息,對正義和反義轉錄本無法准確判斷,導致無法反映真實的轉錄情況。而鏈特異性轉錄組測序(strand-specific RNA seq)可以解決這個問題。鏈特異性建庫的方式是在合成cDNA的第二條鏈時 ...

Fri Oct 19 19:05:00 CST 2018 0 1741
HOMER | MEME | 轉錄因子的基因預測 | motif富集分析

轉錄因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因組里很容易出現隨機比對,而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現,說明它的可變性,因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的,因為很難找到一個方法(閾值)來判斷真正的比對和隨機的比對 ...

Wed Apr 17 20:49:00 CST 2019 0 4103
(史上最全)SNP位點與轉錄因子結合特異性數據庫:GVATdb

眾所周知,基因組關聯分析GWAS)發現的很多變異位點基本為非編碼,這些變異位點1)要么調控基因表達(eQTL); 2)要么影響增強子活性; 3)要么影響轉錄因子(TF)結合特異性; 4)要么啥也不是。 針對以上四種情況: 1)是否調控基因表達(eQTL)可通過GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
對鏈特異性建庫的理解

對鏈特異性建庫的理解 2018年07月27日 01:21:03 sixu_9days 閱讀數:650 標簽: 鏈特異性建庫LncRNA-seq 更多 個人分類: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:50:00 CST 2018 0 1265
GWAS基因組關聯分析

出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM