1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...
實驗材料 構建的群體,或自然群體,如各地方品種。 RAD文庫構建 提取DNA后,構建文庫,簡要步驟如下: 限制性內切酶Taq 酶切 連接P 接頭 DNA隨機打斷片斷化 目的片段回收與末端修復 連接P 接頭 RAD片段富集 上機測序。 參考:Rapid and cost effective polymorphism identification and genotyping using restri ...
2020-05-13 15:40 0 2049 推薦指數:
1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...
1、PED簡介 PED文件格式是廣泛使用的用於連鎖系譜數據分析的格式,並用作plink程序的輸入。PLINK是一個免費的,開源的全基因組關聯分析工集,旨在以高計算效率的方式執行一系列基本的,大規模的分析。PED能夠處理二倍體SNP數據。 空格(空格或制表符)分隔的文本文件*.ped ...
Original 2017-06-08 曾健明 生信技能樹 這里選取的是 GATK best practice 是目前認可度最高的全基因組重測序分析流程,尤其適用於 人類研究。 PS:其實本文應該屬於直播我的基因組系列,有兩個原因把它單獨拿出來 ...
--out test_out 群體遺傳學中,經常提到群體間隨機交配,隨機交配是Hardy-We ...
群體結構圖形——structure堆疊圖 2016/05/17 分享到: 之前基迪奧已經為大家介紹過群體結構兩種圖形——PCA圖和系統發生樹,今天我們來介紹最后一種圖形——structure堆疊圖 ...
tructure是與PCA、進化樹相似的方法,就是利用分子標記的基因型信息對一組樣本進行分類,分子標記可以是SNP、indel、SSR。相比於PCA,進化樹,群體結構分析可明確各個群之間是否存在交流及交流程度 1 軟件安裝 2 簡單使用 第一步:將VCF變為plink格式 ...
全基因組重測序基礎及高級分析知識匯總 oddxix 已關注 2018.09.20 17:04 字數 11355 閱讀 212評論 0喜歡 6 轉自:http://www.360doc.com/content/18/0208/11 ...