可變剪接(alternative splicing),在真核生物中是一種非常基本的生物學事件。即基因轉錄后,先產生初始RNA或稱作RNA前體,然后再通過可變剪接方式,選擇性的把不同的外顯子進行重連,從而產生不同的剪接異構體(isoform)。這種方式,使得一個基因可產生多個不同的轉錄 ...
本次分享一篇今年 月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章, Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single cell transcriptomic data ,對應代碼repo:https: github.com murali group BEE ...
2020-04-26 21:12 0 1270 推薦指數:
可變剪接(alternative splicing),在真核生物中是一種非常基本的生物學事件。即基因轉錄后,先產生初始RNA或稱作RNA前體,然后再通過可變剪接方式,選擇性的把不同的外顯子進行重連,從而產生不同的剪接異構體(isoform)。這種方式,使得一個基因可產生多個不同的轉錄 ...
自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...
From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因組測序和轉錄組測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因組測序目前主要有兩種擴增方法 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話 ...
實驗室馬上要開始做heart的單細胞空間轉錄組,需要提前了解一下基本的data。 廢話不多說,先把示例數據和教程跑一遍,找找感覺。 參考:Seurat4.0系列教程22:空間轉錄組的分析、可視化與整合 樣本制備 - 獲取高質量數據的前提 參考 ...
單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
這么多工具和基因組版本,選擇困難症犯了,到底用哪個好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus ...