原文:Paper Review: 基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較

本次分享一篇今年 月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章, Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single cell transcriptomic data ,對應代碼repo:https: github.com murali group BEE ...

2020-04-26 21:12 0 1270 推薦指數:

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單細胞轉錄測序數據的可變剪接(alternative splicing)分析方法總結

可變剪接(alternative splicing),在真核生物中是一種非常基本的生物學事件。即基因轉錄后,先產生初始RNA或稱作RNA前體,然后再通過可變剪接方式,選擇性的把不同的外顯子進行重連,從而產生不同的剪接異構體(isoform)。這種方式,使得一個基因可產生多個不同的轉錄 ...

Tue Sep 10 20:37:00 CST 2019 0 669
單細胞轉錄測序技術及各類數據分析方法總結

自從2009年單細胞轉錄測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...

Tue Sep 17 20:35:00 CST 2019 0 1696
單細胞轉錄測序技術原理

From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因組測序和轉錄測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因組測序目前主要有兩種擴增方法 ...

Wed Jun 30 17:19:00 CST 2021 0 525
單細胞轉錄CNV分析

什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...

Fri May 07 22:49:00 CST 2021 0 210
淺析GENIE3基因調控網絡推斷

GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話 ...

Wed Mar 31 04:33:00 CST 2021 0 481
單細胞空間轉錄 | scRNA-seq

實驗室馬上要開始做heart的單細胞空間轉錄,需要提前了解一下基本的data。 廢話不多說,先把示例數據和教程跑一遍,找找感覺。 參考:Seurat4.0系列教程22:空間轉錄的分析、可視化與整合 樣本制備 - 獲取高質量數據的前提 參考 ...

Fri Dec 17 03:02:00 CST 2021 0 138
單細胞轉錄測序技術(scRNA-seq)及細胞分離技術分類匯總

單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因轉錄 ...

Sat Sep 07 23:23:00 CST 2019 0 1442
 
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