原文:基於PASA進行基因預測

PASA, acronym forProgram toAssembleSplicedAlignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, ...

2020-03-10 15:39 0 2124 推薦指數:

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Augustus 進行基因注釋

目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是 AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq ...

Tue Feb 25 16:48:00 CST 2020 1 2544
Augustus 進行基因注釋

目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq數據作為先驗模型進行預測 ...

Tue Apr 07 17:04:00 CST 2020 0 964
基因組序列注釋 (基因結構預測

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄組預測 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
tRNAscan-SE 預測tRNA基因

tRNAscan-SE 軟件可以根據輸入的基因組序列,預測對應的tRNA的基因 在線的tRNAscan-SE的鏈接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下圖所示,只需要輸入fasta 格式的序列,選擇對應的物種類型和其他的一些選項,點擊運行按鈕即可 ...

Thu Jun 29 19:16:00 CST 2017 0 1749
 
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