R語言——limma包進行多組差異表達分析
目錄 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 3. 加載limma包，構建如下矩陣 4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較 5. 獲取差異表達數據 6. 導出差異表達數據 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 獲得類似 ...
原文：用“limma”進行差異表達分析
.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable .讀取表達矩陣： 得到表達矩陣exprSet，它的列是各個樣本名稱，行是各個探針ID，一個純粹的表達矩陣，必須是數字型的 可以簡單地做一下該表達矩陣的QC檢測： 如果這些boxplot發現各個芯片直接數據還算整齊，則可以進行差異比較。 .制作分組矩陣 design就是分組矩陣，需要根據我們下載的芯片 ...
2020-03-09 14:45 0 697 推薦指數：
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