基因調控網絡 (Gene Regulatory Network) 01
本文為入門級的基因調控網絡文章，主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念：基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN)，簡稱調控網絡，指細胞內或一個基因組內基因和基因之間的相互作用關系形成的網絡，特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...
原文：基於基因調控網絡(Hopfield network)構建沃丁頓表觀遺傳景觀
基因調控網絡的概念在之前已經簡要介紹過：https: www.cnblogs.com pear linzhu p .html 沃丁頓表觀遺傳景觀 The Waddington s epigenetic landscape 是描述基因調控下細胞分化的動態性的一個經典的隱喻，是由沃丁頓在 年提出的。他將細胞分化比喻作從高處沿山坡滾落下的小球，直到一個穩定的盆地 basin ，該盆地也就代表一定的分化狀 ...
2020-02-17 20:32 0 1147 推薦指數：
相關推薦
Science - 何祖華 - R基因的表觀調控控制水稻稻瘟病抗性與水稻產量平衡
R基因的表觀調控控制水稻稻瘟病抗性與水稻產量平衡 名詞解析 1. 寫在前面 上海植生所何祖華老師實驗室最新(2月2日)發表在Science上的這篇文章短小精悍地講了水稻一個locus上的兩個基因通過蛋白水平的競爭協同控制水稻稻瘟病抗性和水稻產量平衡的故事。 一、摘要 ...
淺析GENIE3基因調控網絡推斷
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法，來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本，而是因為通過法語口音來發音的話 ...
用python包networkx繪制基因調控網絡
最近需要繪制基因調控網絡，選擇了python語言中比較popular的networkx包，先上目前結果圖： 節點是基因或者其他實體，邊代表調控關系，黑色的邊代表抑制，紅色的邊代表激活，紅色的節點代表自我激活，黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點：邊可以有不同的顏色，指向符號可以修改 ...
綜述 - 染色質可及性與調控表觀基因組 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome
RNA-seq這個工具該什么時候用？ATAC-seq該什么時候用？有相當一部分項目設計不行，導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋，這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術： 全基因組測序和重測序 - 組裝以及尋找變異 ...
Hopfield Network 霍普菲爾德網絡入門
簡介 Hopfield Network (霍普菲爾德網絡)，是 Hopfield 在1982年提出的一種基於能量的模型，發表的文章是 Neural networks and physical systems with emergent collective computational ...
霍普菲爾得神經網絡（Hopfield Neural Network）
設計一個反饋網絡存儲下列目標平衡點： T = [ 1 -1; -1 1 ]; 並用6組任意隨機初始列矢量，包括一組在目標平衡點連線的垂直平分線上的一點作為輸入矢量對所設計的網絡的平衡點進行測試，觀察3次循環的每一次的輸出結果。給出最后收斂到各自平衡點（或不穩定的平衡點）結果的次數 ...
Hopfield 網絡（上）
講的什么 這部分主要對 Hopfield 網絡作一大概的介紹。寫了其模型結構、能量函數和網絡的動作方式。主要參考了網上搜到的一些相關 PPT。 概述 早在 1982 年，Hopfield 發表的文章：【Neural networks and physical systems ...