原文:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network) 01

本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 Gene Regulatory Network, GRN ,簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因和基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 gene regulation 導致基因之間的作用。GRN是生物體內控制基因表達的機制,基因表達的主要過程是轉錄 翻譯 GRN構建方法:多數方法使用靜態數據 ...

2020-02-15 21:46 0 5387 推薦指數:

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綜述 - 染色質可及性與調控表觀基因組 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA-seq這個工具該什么時候用?ATAC-seq該什么時候用?有相當一部分項目設計不行,導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋,這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術: 全基因組測序和重測序 - 組裝以及尋找變異 ...

Fri Feb 15 01:53:00 CST 2019 0 2664
淺析GENIE3基因調控網絡推斷

GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話 ...

Wed Mar 31 04:33:00 CST 2021 0 481
用python包networkx繪制基因調控網絡

最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改 ...

Tue Jul 28 17:39:00 CST 2020 0 566
基因的結構 gene structure

很多網站對基因結構的描述不清晰或不准確,此處給出較為權威的基因結構: ...

Tue Feb 25 18:37:00 CST 2020 0 1304
直系同源基因(orthologous gene)和旁系同源基因(paralogous gene

  在進化過程中,新基因通常來自事先存在的基因,新基因的功能從先前基因的功能進化而來。新基因的原材料 來自基因組區域的重復,這種重復可包括一個或多個基因。   作為物種形成的伴隨事件而被重復,並繼續保持相同功能的基因,稱為直系同源基因(orthologous gene)。 新的基因功能可由 ...

Thu Jul 04 23:36:00 CST 2019 0 5268
gene Ontology (基因本體論)

gene ontology為了查找某個研究領域的相關信息,生物學家往往要花費大量的時間,更糟糕的是,不同的生物學數據庫可能會使用不同的術語,好比是一些方言一樣,這讓信息查找更加麻煩,尤其是使得機器查找無章可循。Gene Ontology就是為了解決這種問題而發起的一個項目。 Gene ...

Wed Dec 12 21:59:00 CST 2018 0 646
 
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