原文:ggplot2繪制KEGG富集散點圖

散點圖是 KEGG 富集分析結果的圖形化展示方式。在此圖中,KEGG 富集程度通過 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因個數來衡量。其中 rich factor 指差異表達的基因中位於該 pathway 條目的基因數目與所有有注釋基因中位於該 pathway 條目的基因總數的比值。Rich factor越大,表示富集的程度越大。qvalue 是做過多重假設檢驗校正之后的 ...

2020-01-04 16:37 0 6383 推薦指數:

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ggplot2 PCA散點圖繪制

分別利用顏色(colour)和形狀(shape i.e. pch)進行分組很多屬性需要單獨設置。 用到的對象有 數據映射(Aes,Data aesthetic mappings) 幾何屬 ...

Sun Feb 03 20:13:00 CST 2019 0 2073
R語言|ggplot2| 繪制KEGG氣泡圖

在 RStudio 中使用 BiocManager 安裝包 安裝對應版本的 Rtools 詳細指導說明 安裝連接 安裝完成后,使用命令安裝 KEGGREST 以及所需要的相關包 包加載 查看KEGG數據庫包含的數據 獲取單個數據集中的數據 對單個數據庫進行組織 ...

Fri Nov 05 04:47:00 CST 2021 0 1297
ggplot2繪制GO富集分析柱狀圖

1.使用clusterProfiler包進行GO富集分析 使用clusterProfiler的enrichGO函數來獲取GO分析 可以看到GO富集分析條目一共有769條屬於BP,51條屬於CC,32條屬於MF 2.ggplot2繪制GO分析條目圖 1. ...

Mon Jan 06 02:39:00 CST 2020 0 9465
R繪圖 第五篇:繪制散點圖ggplot2

ggplot2包中繪制點圖的函數有兩個:geom_point和 geom_dotplot,當使用geom_dotplot繪圖時,point的形狀是dot,不能改變點的形狀,因此,geom_dotplot 叫做散點圖(Scatter Plot),通過繪制點來呈現數據的分布,對點分箱的方法有兩種:點 ...

Fri Aug 03 22:52:00 CST 2018 0 20560
R繪圖 第九篇:繪制散點圖和氣泡圖(ggplot2

繪制散點圖(scatterplots)使用geom_point()函數,氣泡圖(bubblechart)也是一個散點圖,只不過點的大小由一個變量(size)來控制。散點圖潛在的最大問題是過度繪圖:當一個位置或相鄰的位置上出現有多個點,就可能把點繪制在彼此之上, 這會嚴重扭曲散點圖的視覺外觀 ...

Mon Aug 13 20:53:00 CST 2018 0 8492
一張圖繪制多組散點圖和折線圖(R:ggplot2)

問題:如何在一張圖上面繪制多組散點圖和折線圖?例如在下面的評分數據中,每輪數據繪制散點圖,平均值繪制折線圖。 數據(excel):營業廳評分數據 做法:R語言ggplot函數 library(readxl) library(ggplot2) data<-read_excel ...

Wed May 01 18:41:00 CST 2019 0 12418
 
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