原文:如何鑒定全基因組加倍事件(WGD)

目前鑒定全基因組加倍 whole genome duplication events 有 種 通過染色體共線性 synteny 方法是比較兩個基因組的序列,並將同源序列的位置繪制成點狀圖,如果能在點狀圖中發現比較明顯的長片段,切較多,便可以推測是由於大尺度的基因組重復以后保留下來的痕跡,,而一般我們假想這種大尺度的基因組重復往往就是全基因組的重復。同樣,對於單個物種而言,我們也可以繪制基因組內部的 ...

2019-12-29 14:55 0 4710 推薦指數:

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Assemblytics鑒定基因組間SV

Assemblytics, 發表在Bioinformaticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27318204,鑒定基因組間SV。 Githup,https://github.com/marianattestad/assemblytics ...

Mon Jan 25 21:11:00 CST 2021 0 347
基於基因組測序數據鑒定結構變異的四大類算法總結

不同類型的基因組變異示意圖(圖片來源:labspaces) 上次給大家總結介紹了基因組單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)的鑒定方法,今天給大家介紹結構變異(structural variations,SV ...

Tue Sep 24 19:31:00 CST 2019 0 503
WGA(基因組擴增)技術

作為一種增加有限DNA量的方法,基因組擴增技術於1992年出現,該方法特別適於法醫學鑒定和遺傳疾病的研究,以及如二代測序技術和CGH陣列(比較基因組雜交)等新技術應用,后者的主要難題就在於DNA樣本數量有限,但分析需求量又很可觀。目前業界已經開發出多種WGA技術,它們之間的實驗 ...

Fri Dec 13 04:23:00 CST 2019 0 661
PacBio基因組測序和組裝

PacBio公司的業務范圍也就5個(官網): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中基因組測序應該是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
GWAS基因組關聯分析

作者:黃樹嘉鏈接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/59767114來源:知乎 來源:https://www.jianshu.com/p/acdc4a22e30a 作者:努 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
【GS模型】基因組選擇之rrBLUP

目錄 1. 理論 2. 實操 2.1 rrBLUP包簡介 2.2 實操 3. 補充說明 關於模型 關於交叉驗證 參考資料 1. 理論 rrBLUP是基因組選擇最常用的模型之一,也是間接 ...

Thu Dec 10 01:01:00 CST 2020 0 948
基因組選擇育種(GS)簡介

基因組選擇(Genomic selection, GS)是一種利用覆蓋基因組的高密度標記進行選擇育種的新方法,可通過早期選擇縮短世代間隔,提高育種值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估計准確性等加快遺傳進展,尤其對低遺傳力、難測定的復雜性狀具有較好 ...

Wed May 13 23:46:00 CST 2020 0 8069
 
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