1、FASTA文件的格式 在生物信息學中,FASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示,且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元,各行記錄信息如下: 第一 ...
,SAM文件格式介紹 SAM The Sequence Alignment Map format 格式,即序列比對文件的格式,詳細介紹文檔:http: samtools.github.io hts specs SAMv .pdf SAM文件由兩部分組成,頭部區和主體區,都以tab分列。頭部區:以 開始,體現了比對的一些總體信息。比如比對的SAM格式版本,比對的參考序列,比對使用的軟件等。主體區: ...
2019-12-24 16:34 0 1129 推薦指數:
1、FASTA文件的格式 在生物信息學中,FASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示,且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元,各行記錄信息如下: 第一 ...
sam/bam 是一種序列比對格式標准,由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分,注釋 ...
ini文件是Initialization File的縮寫,平時用於存儲軟件的的配置文件。例如:MySQL數據庫的配置文件。 例如: [mysqld] datadir=/var/lib/mysql socket=/var/lib/mysql/mysql.sock ...
Apache Parquet是Hadoop生態圈中一種新型列式存儲格式,它可以兼容Hadoop生態圈中大多數計算框架(Hadoop、Spark等),被多種查詢引擎支持(Hive、Impala、Drill等),並且它是語言和平台無關的。Parquet最初是由Twitter和Cloudera ...
1、Hive支持創建表時指定orc格式即可: 壓縮格式有"SNAPPY"和 "ZLIB"兩種,需要哪種格式指定即可 2、SPARK支持 Spark讀: Spark寫: 3、Hadoop Streaming支持 3.1、讀orc文件,輸出text ...
ipynb,即ipython notebook,需要用ipython notebook打開,IPython Notebook是web based IPython封裝,但是可以展現富文本,使得整個工作可以以筆記的形式展現、存儲,對於交互編程、學習非常方便。 如果還是把ipynb文件扔進 ...
轉載:http://blog.sina.com.cn/s/blog_643634b80102v166.html 物體文件格式(.off)文件通過描述物體表面的多邊形來表示一個模型的幾何結構,這里的多邊形可以有任意數量的頂點。 普林斯頓形狀 Banchmark ...
逗號分隔值(Comma-Separated Values,CSV,有時也稱為字符分隔值,因為分隔字符也可以不是逗號),其文件以純文本形式存儲表格數據(數字和文本)。 對於這種格式的數據,我們需要利用open函數來讀取文件並根據逗號分隔的特點來進行處理。 例如: 股票代碼 ...