使用Juicer組裝HiC
Juicer 相比其他軟件還是蠻有優勢的。文章中介紹突出的兩個優點是(1)流程化,使用簡單。(2)高性能,平行計算,對大數據友好。 Under /home/user/juicedir, ...
Hi C是高通量染色體構象捕獲 High throughput Chromosome Conformation Capture, Hi C 技術的簡稱,開發於 年,最初用於捕獲全基因組范圍內所有的染色質內和染色質間的空間互作信息,目前已應用於基因表達的空間調控機制研究 構建染色體水平參考基因組 構建單體型圖譜等。 樣本處理:甲醛交聯固定 Illumina PE 測序,質量評估,數據對比過濾,有效 ...
2019-12-19 17:27 0 1154 推薦指數:
Juicer 相比其他軟件還是蠻有優勢的。文章中介紹突出的兩個優點是(1)流程化,使用簡單。(2)高性能,平行計算,對大數據友好。 Under /home/user/juicedir, ...
1. 主要糾錯類型 上篇HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯?我吐槽了Juice ...
目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...