1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...
PED簡介 PED文件格式是廣泛使用的用於連鎖系譜數據分析的格式,並用作plink程序的輸入。PLINK是一個免費的,開源的全基因組關聯分析工集,旨在以高計算效率的方式執行一系列基本的,大規模的分析。PED能夠處理二倍體SNP數據。 空格 空格或制表符 分隔的文本文件 .ped 每一行對應一個individual 以下前 列是必須的 id是字母數字 : o Family ID Family ID ...
2019-12-15 22:38 0 245 推薦指數:
1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...
--out test_out 群體遺傳學中,經常提到群體間隨機交配,隨機交配是Hardy-We ...
命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 第一個FILENAME的后綴為.ped和.map,生成的第二個FILENAME的后綴為.bed、.bim、.fam 參考鏈接: https ...
鏈接:https://www.jianshu.com/p/c489da8e75ff 群體遺傳學介紹 傳統群體遺傳學是基於觀察到的等位基因頻率與預期頻率的分析。例如,在Wright-Fisher模型下,你可能會看到有性繁殖的二倍體個體群體,而且這些種群沒有重疊世代。該模型 ...
實驗材料 構建的群體,或自然群體,如各地方品種。 RAD文庫構建 提取DNA后,構建文庫,簡要步驟如下: ① 限制性內切酶TaqI酶切; ② 連接P1接頭; ③ DNA隨機打斷片斷化; ④ 目的片段回收與末端修復; ⑤ 連接P2接頭; ⑥ RAD片段富集; ⑦ 上機測序。 參考:Rapid ...
轉載於:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=460481&do=blog&id=1191502 絮語: 重建單倍型網絡是群體遺傳學的一個重要分析內容,最常用的分析工具有Network、TCS ...
群體結構圖形——structure堆疊圖 2016/05/17 分享到: 之前基迪奧已經為大家介紹過群體結構兩種圖形——PCA圖和系統發生樹,今天我們來介紹最后一種圖形——structure堆疊圖 ...
個人與群體的關系到底是什么,如果讓經驗尚淺的我來談,我認為既是個體組成了群體,又是群體塑造了個體,但對於群體乃至社會來說,單獨的個人命運似乎是微不足道的,但對於實實在在生活的個體來說,個人生活確實是他的全部,看玩勒龐的烏合之眾,雖然沒有精讀,但最大的感受是個人不能被群體的無意識所裹挾,群體 ...