HOMER | MEME | 轉錄因子的靶基因預測 | motif富集分析
轉錄因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因組里很容易出現隨機比對，而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現，說明它的可變性，因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的，因為很難找到一個方法（閾值）來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
原文：根據motif binding來確定target gene | HOMER | FIMO | MEME
主流的motif數據庫 JASPAR dbcorrdb SCENIC使用的 TRANSFAC . Public and TRANSCompel . Public 現在最新版要收費了 motif格式問題 我關注的這個motif ENCSR ARI 是Ezh 的，並沒有被收錄在常規的TF數據庫里，所以Homer里面沒有。 dbcorrdb這個數據庫里有，但是很老的JASPAR格式，可以轉成meme格式 ...
2019-12-08 18:27 0 399 推薦指數：
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