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gene symbol: TP53

gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前國際上最權威的Gene ID編號

 

GENECODE:GENECODE來自Ensembl數據庫。沒有ID。它有gtf文件。

 

HGNC(人類基因命名委員會)只對人類基因進行命名。

HUGO Gene Symbol:HUGO Gene Symbol(也叫做HGNC Symbol,即基因符號)是HGNC組織對基因進行命名描述的一個縮寫標識符(如:TP53),這些基因符號都是唯一的。

Gene Name:Gene Name是經過HGNC批准的全基因名稱;對應於上面批准的符號(Gene Symbol)。例如TP53對應的Gene Name就是:tumor protein p53 。

HGNC ID:HGNC ID是HGNC數據庫分配的基因編號,每一個標准的Symbol都有對應的HGNC ID 。我們可以用這個編號,在HGNC數據庫中搜索相關的基因。例如:HGNC:11998 有時候HGNC會對一些已經命名過的基因進行重新審查和重新命名,以確保新的基因命名在描述基因功能方面更加的准確。當一個基因被HGNC分配了新的Gene Symbol時,它之前的命名,會被當作同義詞繼續使用,所以一般建議使用HGNC ID而不是HGNC Symbol來作為我們處理數據中的唯一標識符。

 

Ensembl ID:

Ensembl:ENSG00000141510 即Ensembl數據庫的ID編號,MIM:191170是來源於OMIM數據庫(Online Mendelian Inheritance in Man ,人類孟德爾遺傳在線數據庫)的編號。Vega:OTTHUMG00000162125來自Vega數據庫(Vertebrate Genome Annotation,脊椎動物基因組注釋 )

 

參考資料:https://cloud.tencent.com/developer/article/1358527

 

Entrez ID

Entrez ID是指的來自於NCBI旗下的Entrez gene數據庫所使用的編號。
每個基因的編號具有唯一性,包括不同種屬生物間的同源基因編號也不相同,例如同樣是TP53基因,人源TP53的Entrez ID為7157,zebrafish源的Entrez ID為30590,chichen源的Entrez ID為396200

  

NCBI的GenBank:

NCBI核酸序列數據庫-GenBank


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