原文:Flye 三代組裝

Flye:原始PB ONT reads作為輸入文件,輸出 polished contigs文件 Genome Data Asm.Size NG CPU time RAM Human CHM PB x . Gb . Mb h Gb CHM was run with asm overage Flye使用重復圖作為核心數據結構。與de Bruijn圖 需要精確的k mer匹配 不同,重復圖的邊表示基因 ...

2019-11-05 09:53 0 340 推薦指數:

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三代全長轉錄組測序和組裝

這些三代全長轉錄組測序的相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二轉錄 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
三代測序組拼接組裝工具Falcon

基因組裝配工具Falcon工作流程 1 Falcon簡介Falcon (Fast Alignment and CONsensus),是由PacBio(太平洋生物科技公司)新開發的二倍體基因組從頭拼接組裝工具,由HGAP(Hierarchical Genome Assembly Process ...

Tue Aug 22 01:37:00 CST 2017 0 3362
組裝三代番木瓜基因組——by Serenity Fang

# 估算測序深度、reads數目、N50等值(自寫perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 統計結果如下: # 基因組組裝三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估

三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
Falcon:三代reads比對組裝工具箱

主頁:github: PacificBiosciences/FALCON 簡介 Falcon是一組通過快速比對長reads,從而來consensus和組裝的工具。 Falcon工具包是一組簡單的代碼集合,我使用它們來研究單倍體和二倍體基因組的高效組裝算法。 為了提高計算速度,它有 ...

Mon Aug 01 17:10:00 CST 2016 0 5032
組裝之后的三代基因組進行polish

一:利用pilon軟件進行二數據對三代數據polish 准備數據 : 三代數據組裝好的基因組文件:draft.fa illumina的雙端測序數據經過質控之后的數據:read1_fq.gz read2_fq.gz 比對(bwa) 構建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
使用wtdbg利用三代數據進行基因組de novo組裝

相較於其他三代數據組裝軟件(Canu(也可用於糾錯),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下優點: 安裝運行簡單 (可用run_wtdbg_assembly.sh腳本生成運行腳本),運行 ...

Fri Oct 18 17:56:00 CST 2019 0 937
 
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