PacBio下機數據解讀
今天被人問起如何看懂三代的下機數據，雖然解決了別人的問題，但感覺自己還是沒有搞透。 基本的目錄結構： 解壓后的目錄結構： 可以看到數據是以HDF5的格式存儲的，格式介紹：PacBio Sequences的HDF5格式 那么，上面目錄和文件名都有哪些含義呢？仔細 ...
原文：Pacbio下機數據格式說明
RS IISequel 在下機文件中，主要有三類文件，bam 文件，bam.pbi 文件，以及xml文件。當我們習慣性的去尋找熟悉的fastq格式文件做分析時，發現找不到了，因為在sequel平台中bam 文件成為了它的替代者，因為其更節約儲存空間。這是文件格式的一個重大更新。用於后續分析的文件一般是.subreads.bam，這等同於RS II 中的.subreads.fastq 參考資料： h ...
2019-10-18 10:06 0 363 推薦指數：
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