【基因組預測】braker2基因結構注釋要點記錄
目錄 流程使用 問題 記錄下braker2的使用要點，以備忘記。 流程使用 braker2有很多流程，根據你的數據：組裝的基因組、轉錄組、蛋白（同源，包括近緣或遠緣）選擇不同流程，官網有說明： https://github.com ...
原文：使用BRAKER2進行基因組注釋
來自：https: www.jianshu.com p e a e f dda 使用BRAKER 進行基因組注釋 BRAKER 是一個基因組注釋流程，能夠組合GeneMark，AUGUSTUS和轉錄組數據。 在使用軟件之前，有幾點需要注意下 盡量提供高質量的基因組。目前隨着三代測序價格下降，這一點問題不大。 基因組命名應該簡單，最好就是 gt contig 或 gt tig 基因組需要屏蔽重復序列 ...
2019-10-14 13:16 0 485 推薦指數：
相關推薦
基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...
R語言實現對基因組SNV進行注釋
很多時候，我們需要對取出的SNV進行注釋，這個時候可能會在R上進行注釋，通常注釋文件都含有Chr(染色體)、Start(開始位點)、End(結束位點)、Description（描述），而我們的SNV文件通常是擁有Position（位置），因此我們可以先定位Chr，再用Postion去定位 ...
【基因組注釋】ncRNA注釋
目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...
【基因組注釋】GMAP安裝使用問題
homology策略預測基因結構，下載了公共mRNA/CDS序列，考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本，但總是不那么順利。 無論是用conda安裝，還是源碼安裝較新版本，都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時，沒報錯，出現如下： 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...
轉錄組（四）：了解參考基因組及基因注釋
參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組； 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看感興趣的基因的結構，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖 ...
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)
之間介紹過annovar進行對snp注釋，今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...