原文:R語言構建蛋白質網絡並實現GN算法

R語言構建蛋白質網絡並實現GN算法 目錄 R語言構建蛋白質網絡並實現GN算法 .蛋白質網絡的構建 .生物網絡的模塊發現方法 .模塊發現方法實現和圖形展示 基於點連接的模塊發現:cluster fast greedy該方法通過直接優化模塊度來發現模塊。 GN算法:edge.betweenness.community 隨機游走:walktrap.community Newman快速算法:leading ...

2019-09-22 22:35 0 1222 推薦指數:

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蛋白質結構模建初探

目錄 相關鏈接 蛋白質模建的幾種方法 同源模建 折疊識別 從頭預測 綜合方法 實地操作&預測結果 路線 預測結果 Swiss ...

Fri Apr 17 07:19:00 CST 2020 0 592
氨基酸,多肽,蛋白質

一、氨基,羧基和氨基酸 氨基:-NH2 氨基是基本鹼基,大多數含有氨基的有機物都有一定鹼的特性。氨基是一個活性大、易被氧化的基團。 羧基:-COOH。分子中具有羧(念suo)基的化合物稱為羧酸 ...

Mon Jul 26 07:36:00 CST 2021 0 318
R方差分析】蛋白質表達量多組比較

初始數據類似: 蛋白質組數據雖不是嚴格的正態分布,但目前最常用的檢驗方法還是T檢驗(兩組比較)和方差分析(多組比較)。這個話題值得深究,這里不展開。 主要是求多個蛋白的Pvalue值或FDR,用於差異篩選。 ...

Wed Jun 17 01:09:00 CST 2020 0 718
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus

目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的,2008年初次發表JPR,2014年升級發表NC,免費開源,持續更新維護,良心軟件。而且,有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
Diamond軟件比對蛋白質數據庫

參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...

Thu Feb 01 01:56:00 CST 2018 0 1231
蛋白質組學實驗設計、質控與分析

1. 實驗設計與技術路線 (1) 常用流程 流程 說明 1.材料收集 細胞、細胞上清、組織、血漿、血清、腦脊液、外泌體、尿液...... 2.定量技術 蛋白組:iTRAQ/TMT ...

Thu Jan 16 05:19:00 CST 2020 0 2942
 
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