原文:單細胞測序數據的降維方法及細胞亞型的鑒定聚類方法總結

圖 細胞亞型的鑒定及分析 Stegle et al.NATURE REVIEWS GENETICS, 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型 cell subtype or cell subpopulations 的鑒定是單細胞測序技術一個非常重要的基礎應用。但由於單細胞測序數據通 ...

2019-09-07 14:46 0 1398 推薦指數:

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單細胞測序數據降維方法細胞亞型鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
單細胞測序數據的差異表達分析方法總結

無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...

Sat Sep 07 22:42:00 CST 2019 0 2592
基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
單細胞測序學習(一)

一、單細胞測序簡介   單細胞測序技術(single cell sequencing)是指在單個細胞水平上,對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術,它能夠彌補傳統高通量測序的局限性,揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態,反映細胞間的異質性。   我們經常看到的scRNA-seq ...

Thu Oct 29 17:13:00 CST 2020 0 658
單細胞測序學習(二)

三、單細胞測序原理   今天主要介紹單細胞測序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前單細胞測序的兩大主流平台,所以今天的單細胞測序原理介紹也是基於這兩個平台的。  (1)10X Genomics單細胞測序原理         上圖是10X單細胞測序的原理圖。首先要 ...

Thu Oct 29 17:19:00 CST 2020 0 1281
單細胞測序的知識

單細胞測序的知識 劉小澤 已關注 2018.07.20 21:33* 字數 1885 閱讀 675評論 0喜歡 7 劉小澤寫於18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...

Sat Oct 20 04:02:00 CST 2018 0 1917
 
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