Needleman-Wunsch算法是基於動態規划算法的序列比對算法。 生信課上學的算法,課下閑來無事,用Python實現一下。 ...
Needleman-Wunsch算法是基於動態規划算法的序列比對算法。 生信課上學的算法,課下閑來無事,用Python實現一下。 ...
很早就知道有全局比對和局部比對這兩種比對方法,都是用到的動態規划的思想,知道一些罰分矩陣的概念,但一直都沒有機會搞透徹,一些算法的細節也不太清楚,也沒有親手編程實現。 現在由於項目需求,需要手動寫一個簡單的全局和局部比對的程序,同時得知團隊里有個大牛早就用Perl實現了,看了一下他的代碼也才 ...
本文介紹基於最長公共子序列的文本比較算法——Needleman/Wunsch算法。還是以實例說明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他們的最長公共子序列為ittn(注:最長公共子序列不需要連續出現,但一定是出現的順序一致),最長公共子序列長度為4。 和LD算法 ...
生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
一、Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英語:Needleman-Wunsch Algorithm)是基於生物信息學的知識來匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。這是將動態算法應用於生物序列的比較的最早期的幾個實例之一。該算法是由 Saul B. Needlman ...
以下代碼為第一步求最大前后綴所含字符個數的代碼: 首先我們明確:next[i]存放的是前i個字符組成的字符串的最大相同前后綴長度 while(j>0 && str.charAt(j) != str.charAt(i))的意思是: 此時j的值 ...
ecc算法的代碼實現 什么是ecc算法 Elliptic curve cryptography,橢圓曲線密碼學,即ECC。是一種建立公開密鑰加密的算法,基於橢圓曲線數學。橢圓曲線在密碼學中的使用是在1985年由Neal Koblitz和Victor Miller分別獨立提出的。詳情鏈接 ...
Adaboost算法及其代碼實現 算法概述 AdaBoost(adaptive boosting),即自適應提升算法。 Boosting 是一類算法的總稱,這類算法的特點是通過訓練若干弱分類器,然后將弱分類器組合成強分類器進行分類。 為什么要這樣做呢?因為弱分類器訓練起來很容易,將弱 ...