KEGG pathway注釋過程
KEGG mapper： 輸入：cufdiff生成的差異基因列表（log2fold_change的絕對值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG網站中，利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。 過程： 1. ID轉換：將gene symbol轉換 ...
原文：KEGG注釋
在 KEGG 數據庫中，把功能相似的蛋白質歸為同一組，然后標上 KO 號。通過相似性比對，可以為未知功能的蛋白序列注釋上 KO 號。 截止到 年 月 日，KEGG 數據庫中共收錄了 , 個完整的基因組。其中 個為真核生物， , 個為原核生物。在真核生物中，共有 個物種 一個物種可能不止一個基因組 ，分為 科， 屬 在原核生物中，共有 , 個物種，分為 屬。 KEGG 對這些物種的基因序列構成了一 ...
2019-07-11 09:52 0 1363 推薦指數：
相關推薦
GO | KEGG的注釋是怎么來的？
我們是在驗證時才使用注釋，這種拿不准確數據來驗證新的數據的方法確實值得思考。 那么GO和KEGG常見注 ...
AnnotationHub, clusterProfiler 進行GO，KEGG注釋
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顧名思義，就是注釋信息的中裝站。通過它，能找到了幾乎所有的注釋資源。如果沒有，你還可以根據已有的數據用它提供的函數進行構建。 1. 加載AnnotationHub library(AnnotationHub ...
GO 和 KEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常，因為它們的本質是相通的，都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫，應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別： 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
R包對植物進行GO，KEGG注釋
1、安裝，加載所用到到R包 用BiocManager安裝，可同時加載依賴包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager:: ...
使用GEO數據庫來篩選差異表達基因，KOBAS進行KEGG注釋分析
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具，使用的數據是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquit ...
KEGG PATHWAY
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合，包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡： 1.新陳代謝 2.遺傳信息加工 3.環境信息加工 4.細胞過程 5.生物體系統 6.人類 ...
KEGG數據庫
參考：KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道，那就是能通過它來做什么？ KEGG數據庫里面有什么？ 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息，例如Glycolysis ...