原文:用Python實現一個爬蟲爬取ZINC網站進行生物信息學數據分析

最近接到實驗室的導師交給我的一個任務,就是他們手頭有很多smile表達式,格式類似這種:C C c ccccc c ccccc c ccccc 這是生物信息學中表達小分子結構的一種常用表達式 ,他們需要對每個smile表達式在ZINC網站 生物信息學數據網站 上進行搜索,然后找到對應的ZINC號 小分子供應商 構象預測等信息。基本步驟如下: 點擊查找之后網頁就會跳轉到詳細信息,我們需要獲取它的Z ...

2019-06-02 12:34 0 516 推薦指數:

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Python生物信息學數據管理》中文PDF+英文PDF+代碼

生物信息學經典資料,解決生物學問題,通過“編程技法”的形式,涵蓋盡可能多的組織、分析、表現結果的策略。在每章結尾都會有為生物研究者設計的編程題目,適合教學和自學。由六部分組成:Python語言基本介紹,語言所有成分介紹,高級編程,數據可視化,生物信息通用包Biopython,最后給出20個"編程 ...

Wed Jun 05 19:09:00 CST 2019 0 646
生物信息學常識匯總

電子病歷方向 電子病歷方面主要是篩選出冠心病影響的因素,通過抽取數據數據缺失處理、數據文本校對、數據對齊等方式進行預處理,經過各種病的數據統計以后能夠進行方向的確定,然后進行小樣本分析,從而進行探索,相當於在機器學習這個層面還需要重新進行學習,感覺也會增加自己的時間成本。 心腦血管疾病 ...

Thu Jun 25 04:12:00 CST 2020 0 861
python數據分析

一.python爬蟲使用的模塊   1.import requests   2.from bs4 import BeautifulSoup   3.pandas 數據分析高級接口模塊 二. 數據在第一個請求中時, 使用BeautifulSoup   三.當數據不在第一個請求 ...

Sun Oct 20 03:02:00 CST 2019 0 1900
生物信息學: 導論與方法 | 總結筆記

課程鏈接:生物信息學: 導論與方法 1 導論與歷史 1.1 1-1 什么是生物信息學 1.2 1-2 生物信息學歷史 1.3 1-3 中國大陸的生物信息學 2 序列比對 2.1 2-1 序列比對中的基本概念 2.2 2-2 利用 ...

Tue Jul 26 00:35:00 CST 2016 0 11922
生物信息學在線軟件集錦

序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖 ...

Wed Sep 02 22:49:00 CST 2020 0 437
 
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