plink, vcftool計算等位基因頻率（allele frequency，vcf）
計算等位基因頻率有兩種方式，第一種用vcftool計算： /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很簡單的一個命令行，file.vcf指的是你要輸入的vcf文件，--freq表示計算等位基因 ...
原文：Genome Aggregation Database (gnomAD) 簡介 | 參考人群等位基因頻率數據庫
Genome Aggregation Database gnomAD 這是一個關於什么的數據庫 broad institute開發的，整合了目前幾乎所有的公共的WES和WGS測序數據，並對數據做了一些總結，可供其他開發者使用。 怎么使用gnomAD 查感興趣的基因 查感興趣的variant 參考人群等位基因頻率數據庫 基因變異耐受性 可以不做這方面的工作，但是該領域一些最基本的概念必須了解，這樣才 ...
2019-05-17 22:18 0 1381 推薦指數：
相關推薦
關於 minor allele frequency（次等位基因頻率）的理解
引用自NCBI的概念（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf） Global minor ...
關於Allele(等位基因)的理解
高中學生物的時候關於遺傳學的部分，記得當時的教材上為了簡化處理一般將基因型定義為AA, Aa, aa。其實這種抽象的理解對應付高考是很有用的，但是實際應用中如果還這樣理解那么便會產生一些疑問。之所以會產生這樣的抽象，原因是早期並不知道雙螺旋DNA是遺傳物質，就更不提什么中心法則和DNA測序 ...
雙等位基因(biallelic sites )和多等位基因(multiallelic sites)
雙等位基因(biallelic sites ):表示在基因組的某個位點上有兩個等位基因，如下圖第七個位點所示，有G/-兩種形式： 多等位基因(multiallelic sites)：表示在基因組的某個位點上存在有多個等位基因，如下圖第七個位點所示，在不同的樣本中，有G、C、T、-幾種形式： ...
如何識別自己基因組數據是哪個全基因組參考版本（Genome Reference Versions/ Genome Build）
首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟： 第一步，打開你的基因組數據bim文件（Plink格式），隨便找一個 ...
MGI數據庫挖掘 | MGI-Mouse Genome Informatics | InWeb database
做生物信息，遺傳發育，分析數據的時候總是要narrow down分析范圍，高通量數據尤其是基因表達，在龐大的confounder面前，縮小分析范圍是必須的，否則你會一直在混沌中游盪。 看一篇文章：2018 - Identification of genes associated ...
兩對等位基因控制一對相對性狀的規律（基因互作）
兩對等位基因控制一對相對性狀的規律（基因互作） 參考文檔：https://wenku.baidu.com/view/edf42b6682c4bb4cf7ec4afe04a1b0717fd5b3e1.html?from=search 基因互作是指幾對等位基因之間通過相互作用影響同一性 ...
等位基因特異性表達(ASE)及順反式調控研究的相關分析整理
目錄 1. 主要參考文獻 1) 綜述 2）研究和方法 水稻PNAS——張啟發、刑鋒 棉花NC——胡冠菁、包穎 玉米MP——周鵬、Nathan M. Springer 水生植物蓮Plant ...