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plink1.9版本支持轉化為VCFv4.2格式 plink2.0版本支持轉化為VCFv4.3格式 兩個版本用到的命令不一樣 對於plink1.9版本，轉化為vcf文件的命令行為： 生成的vcf為4.2版本 對於plink2.0版本，轉化為vcf文件的命令行 ...

注意：本文的內容主要來自於GATK官網的講解，所以vcf也是GATK產生的，用其他caller，比如varscan2產生的vcf文件的內容注釋可能不一致。 參考：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268 ...

VCF是用於描述SNP，INDEL和SV結果的文件，下面所記錄的是以GATK軟件結果的VCF文件，與SAMtools的結果有點不同 VCF文件可以分為兩部分看，最上面#號注釋的的部分是對一些參數的解釋（看英文能懂的話，下面的解釋就不用看了），而下面沒#號注釋的部分則是各個參數對應的具體的值 ...

利用bcftools軟件將vcf格式生成gz格式和index格式，需要用到“-Oz”和“index”命令，具體如下： ...

在開發基因組相關流程或工具時，經常需要讀取、處理和創建bam、vcf、bcf文件。目前已經有一些主流的處理此類格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此類工具集成的大多是標准功能，在編程時如果直接調用的話往往顯得不夠靈活。 本文介紹的是一個處理 ...

PS：盡量不要用什么豌豆莢啊、微信啊、QQ啊之類的通訊錄備份，那就等於把自己的通訊錄免費送給騰訊他們了。。。。還是自己手動的好一些，但是小白用戶或者經常丟手機的賣就賣吧，總比聯系人都丟了要好~~~ 默認的 什么諾基亞PC套件啊，什么windows通訊錄啊，豌豆莢啊 之類的到處的VCF格式的文件 ...

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. ...