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plink1.9版本支持轉化為VCFv4.2格式 plink2.0版本支持轉化為VCFv4.3格式 兩個版本用到的命令不一樣 對於plink1.9版本,轉化為vcf文件的命令行為: 生成的vcf為4.2版本 對於plink2.0版本,轉化為vcf文件的命令行 ...
注意:本文的內容主要來自於GATK官網的講解,所以vcf也是GATK產生的,用其他caller,比如varscan2產生的vcf文件的內容注釋可能不一致。 參考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268 ...
VCF是用於描述SNP,INDEL和SV結果的文件,下面所記錄的是以GATK軟件結果的VCF文件,與SAMtools的結果有點不同 VCF文件可以分為兩部分看,最上面#號注釋的的部分是對一些參數的解釋(看英文能懂的話,下面的解釋就不用看了),而下面沒#號注釋的部分則是各個參數對應的具體的值 ...
利用bcftools軟件將vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具體如下: ...
在開發基因組相關流程或工具時,經常需要讀取、處理和創建bam、vcf、bcf文件。目前已經有一些主流的處理此類格式文件的工具,如samtools、picard、vcftools、bcftools,但此類工具集成的大多是標准功能,在編程時如果直接調用的話往往顯得不夠靈活。 本文介紹的是一個處理 ...
PS:盡量不要用什么豌豆莢啊、微信啊、QQ啊之類的通訊錄備份,那就等於把自己的通訊錄免費送給騰訊他們了。。。。還是自己手動的好一些,但是小白用戶或者經常丟手機的賣就賣吧,總比聯系人都丟了要好~~~ 默認的 什么諾基亞PC套件啊,什么windows通訊錄啊,豌豆莢啊 之類的到處的VCF格式的文件 ...
VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. ...