1 兩個模型合並 2 導出data文件 topo writelammpsdata XXX.data ...
一 notes: 不在data文件里寫 注釋 ,否則,容易出錯 前兩行不用寫東西 建議 相互作用系數可以不用寫在data里邊 如pair coeff等 ,可有可無,but for pair coeff,最好還是在data文件中設定,因為它比在in文件中設定更加方便 簡潔。 二 主體框架 必須要有 : .數目:原子 鍵 角 二面角 非二面角的的總數目 .類型:原子 鍵 角 二面角 非二面角 .box ...
2019-05-04 15:46 0 1669 推薦指數:
1 兩個模型合並 2 導出data文件 topo writelammpsdata XXX.data ...
LAMMPS 即 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (大規模原子分子並行模擬器),是由美國能源部桑迪亞國家實驗室開發的一種開源的經典分子動力學模擬代碼 in 文件描述一個符合牛頓定律的模擬過程,內容大致包含三個 ...
1.create_box 這個關鍵字看似簡單實則讓人難受。 ①在寫這個關鍵字的時候切記:一一對應原則,即: bond/types 對應 extra/bond/per/atom ...
轉自:小木蟲 田淮安 的回答。 LAMMPS中的溫度是由原子的動能計算而來的,具體可參見手冊compute temp command一節的說明。LAMMPS的模擬結果,我這里指的是dump命令得到的lammpstrj文件,主要內容都是每個時刻每個原子的信息,包括坐標、速度、動能、勢能 ...
原文連接:http://mdbbs.org/thread-19218-1-1.html 看到有不少人在找熱導率計算方面的in文件,我就貢獻三個in文件吧,僅供參考。同時,附件里貼出了我的計算結果。EMD的輸出結果(compute heat/flux command+compute tc ...
無論任何模擬,我們都是想從模擬中得到我們想要的數據【data】,然后分析這些數據,從而提取出相關的信息【MAYBE新的發現】,那么數據的輸出是必然的一道程序,下面談談LAMMPS軟件是如何輸出data。LAMMPS中處理的輸出數據主要分一下三個大的部分:1.斷點數據,這個主要是為了防止模擬過程中 ...
摘自:http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps計算的應力有兩種: 一是體系整體的應力狀態,通過在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段 ...
內部建模 內部建模,即使用LAMMPS提供的命令建立模型。這種方法主要用於構建比較簡單和標准的體系。 相關命令主要有4個: lattice:定義晶格類型; region:定義模擬盒子的大小; create_box:創建模擬盒子; create_atoms:在模擬盒子中創建 ...