plink: 計算多個SNP集的連鎖不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
原文：plink計算兩個SNP位點的連鎖不平衡值（LD）
PLINK提供了 ld 的參數計算兩個SNP位點的連鎖不平衡值。 命令如下： plink file file ld rs rs out rs rs 生成如下數據： ld rs rs : R sq . D Haplotype Frequency Expectation under LE TG . CG . . TA . . CA . . In phase alleles are TA CG ...
2019-04-29 16:11 0 1779 推薦指數：
相關推薦
LDheatmap | SNP連鎖不平衡圖（LD）可視化，自己數據實現版！
本文首發於“生信補給站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 連鎖不平衡圖，用來可視化不同SNP之間的連鎖程度，前同事間俗稱“倒三角”圖。 本文使用自己的數據，因為安裝R包后使用內置數據集運行出結果較容易 ...
哈代平衡 &連鎖不平衡
哈代-溫伯格平衡定律（Hardy-Weinberg equilibrium）,即HW平衡，是指對於一個大且隨機交配的種群，基因頻率和基因型頻率在沒有遷移、突變和選擇的條件下會保持不變。它是建立在一個理想的群體模式上的，有四個假設前提：1.群體無限大；2.隨機婚配；3.沒有突變；4.沒有大規模遷移 ...
推薦一個畫連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測比haploview好用！
最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態位點，輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。 最近試了一下另外一個畫LD block的軟件LDBlockShow，比haploview好用許多。不需要自己剔除多態位點，直接輸入vcf ...
GWAS | 原理和流程 | 全基因組關聯分析 | Linkage disequilibrium (LD)連鎖不平衡 | 曼哈頓圖 Manhattan_plot | QQ plot
GWAS入門必看教程：Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名詞解釋和基本問題： 關聯分析：就是AS的中文，全稱是GWAS。應用基因組中數以百萬計的單核苷酸多態；SNP為分子遺傳標記，進行全基因組水平 ...
plink軟件計算snp位點的觀測雜合度和期待雜合度
1、測試數據 2、計算觀測雜合度和期待雜合度 ...
數據不平衡如何處理
數據不平衡 1.什么是數據不平衡 一般都是假設數據分布是均勻的，每種樣本的個數差不多，但是現實情況下我們取到的數據並不是這樣的，如果直接將分布不均的數據直接應用於算法，大多情況下都無法取得理想的結果。 這里着重考慮二分類，因為解決了二分類種的數據不平衡問題后，推而廣之酒能得到多分類情況下 ...
利用plink軟件基於LD信息過濾SNP
最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...